С помощью программы fseqboot создали 100 бутстреп-реплик выравнивания (см. предыдущий практикум), которые подали на вход программе fdnaml, и получили 100 скобочных формул, сосоответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний. (Выходной файл с изображениями 100 деревьев ) Далее их дали на вход программе fconsense и получили консенсусное дерево. Выходной файл программы.
+-------------D
+-69.0-|
| | +------A
+-99.0-| +100.0-|
| | +------B
+------| |
| | +--------------------C
| |
| +---------------------------E
|
+----------------------------------F
Species in order:
1. F
2. E
3. C
4. D
5. B
6. A
Sets included in the consensus tree
Set (species in order) How many times out of 100.00
....** 100.00
..**** 99.00
...*** 69.00
Консенсусное дерево не совпало по топологии с исходным. В нем есть ветвь "**.*.." (для порядка ABCDEF), которая не совпадает с реальным деревом, но есть в некоторых полученных в предыдущем задании; эта ветвь попадается только в 69 из 100 деревьев. Нет ветви "..**..", которая есть в реальном дереве. Но в остальном консенсусное дерево по топологии похоже на исходное: 100 деревьев есть ветвь "**....", и у 99 есть ветвь "****..", которые присутствуют в реальном дереве. И снова мы видим, что не получится с помощью программ строить деревья наверняка; каждое, из таких деревьев остается на уровне предположения.
Дерево было визуализировано с помощью fdrawtree, на выходе программа дала неукорененную филограмму.
В исходном дереве есть корень. В визуализированном дереве нет корня, и если не знать скобочную структуру, можно определить корень на любой из трех ветвей, исходящих из центра. Соответственно,не получится определить относительное расстояние всех листьев от общего предка, т. к. на картинке не показано, где он.