| Главная страница | Семестры | О себе | Ссылки |
Информация о белке и его гене, полученная из записи NC_003098.1 базы данных RefSeq с полным геномом бактерии, приведена в таблице 1. На рисунке 1 изображена окрестность в геноме гена описываемого белка.
Таблица 1. Информация о НАД-зависимой ДНК лигазе Streptococcus pneumoniae штамм R6 (идентификатор NP_358618.1 в базе RefSeq)
Вид информации |
Квалификатор в записи генома |
Значение |
Локус гена в геноме |
/locus_tag |
spr1024 |
Имя гена |
/gene |
ligA |
Идентификатор гена в базе данный NCBI Gene |
/db_xref=”GeneID:…” |
933694 |
Начало гена в геноме |
__ |
1003486 |
Конец гена в геноме |
__ |
1005444 |
На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) |
__ |
прямая |
Длина гена (в парах нуклеотидов) |
__ |
1959 |
Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein |
/protein_id |
отсутствует |
Длина белка (в аминокислотных остатках) |
__ |
652 |
Рис. 1. Геномная окрестность гена белка LigA из генома бактерии Streptococcus Pneumoniae, штамм R6. Ген отмечен черной рамкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Из рисунка 1 видно, что выбранный ген не перекрывается ни с какими другими, вместе с соседними генами кодируется на прямой цепи, не имеет интронов. Расстояние между выбранным геном и соседними – 92 и 111 пар нуклеотидов. Рамки считывания относительно них +3 и +1 соответственно.
© Дарья Горбачева | изменено 8.08.2014 |