Семестры

Здесь работы, выполненные в процессе обучения.

Некоторые большие файлы из ранних работ могут быть уже недоступны =(

VII семестр. Структурная биоинформатика

• Построение и визуализация электронной плотности

• Восстановление кристалла из PDB-файла

• Разложение функции ЭП в ряд Фурье

• Сравнение структур, расшифрованных с помощью РСА и ЯМР

• Отчет по валидациии модели 4GLW

• Разметка вторичной структуры

• Нахождение гидрофобных кластеров

• Построение и анализ поверхности макромолекулы

• Совмещение структур

IV семестр. Эволюция белков

• Филогенетическое дерево и реконструкция филогении

• Укоренение и бутстрэп

• Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги

• Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG

• Мембранные белки

• Геномное окружение

• Gene Ontology

• Поиск сигналов

• Восстановление предкового состояния доменной архитектуры

III семестр. Последовательности нуклеиновых кислот

• Химическое строение нуклеиновых кислот

• A- и В- формы ДНК. Структура РНК

• Комплексы ДНК-белок

• Прочтение последовательностей по Сэнгеру

• Нуклеотидные банки данных

• Поиск по сходству (blast)

• EMBOSS

• Выравнивание геномов

• Гены прокариот

• Гены эукариот

• Ресеквенирование. Поиск полиморфизмов у человека

• Сборка de novo

II семестр. Послдовательности белков

• Jmol. Трехмерная структура белка

• Jmol. Внутримолекулярные взаимодействия

• Jmol. Лиганды в структуре белка

• Jmol. Структурное выравнивание

• PubMed. Поиск информации о Нобелевской премии

• Uniprot. Часть 1

• Uniprot. Часть 1

• JalView. Выравнивания и гомология

• JalView. Предсказание парных выравниваний

• BLAST. Поиск гомологов

• PsiBlast. Построение семейства гомологов

• Pfam. Построение множественного выравнивания

• ProSite. Мотивы

I семестр. Введение в биоинформатику

• Скрипт на языке питон

• Описание бактерии

• Описание вируса

• Описание белка