| Главная страница | Семестры | О себе | Ссылки |
По типу носителя генома Nerine Virus X классифицируется как ssRNA positive-strand virus, то есть гены этого вируса кодируются на имеющейся в геноме одноцепочечной РНК. Впервые вирус был выделен из Агапантуса колокольчатого (Agapanthus campanulatus F. M. Leight.) в Японии[1].
Геном вируса состоит из одной молекулы РНК, которая содержится в записи NC_007679.1 банка RefSeq. Молекула состоит из 6582 нуклеотидов. В геноме закодировано 5 генов, информация о которых представлена в таблице 1.
Таблица 1. Гены в геноме Nerine Virus X
№ |
Начало |
Конец |
Ориентация |
Длина |
Продукт |
1 |
90 |
4604 |
+1 |
4515 |
Replicase protein |
2 |
4637 |
5326 |
+1 |
690 |
Triple gene block protein 1 |
3 |
5304 |
5663 |
+1 |
360 |
Triple gene block protein 2 |
4 |
5440 |
5802 |
+1 |
363 |
Triple gene block protein 3 |
5 |
5789 |
6454 |
+1 |
666 |
Coat Protein |
Длина всех генов делится на 3. Есть 3 участка пересечения генов (один из них изображен на рисунке 2). Из рисунка 1 видно, что гены не содержат интронов.
Рис. 1. Изображение всего генома Nerine Virus X. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Рис. 2. Область перекрытия генов (идентификаторы записей RefSeq YP_446996.1 и YP_446992.1) Nerine Virus X. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
[1] S. Fuji, K. Shinoda, H. Furuya, H. Naito, F. Fukumoto, Complete nucleotide sequence of Nerine virus X (NVX-J) isolated from the African lily plant (Agapanthus campanulatus) in Japan, Archives of Virology, January 2006, Volume 151, Issue 1, pp 205-208.
© Дарья Горбачева | изменено 8.08.2014 |