| Главная страница | Семестры | О себе | Ссылки |
Поиск гомологов данного белка
PSI-BLAST - алгоритм поиска последовательностей, незначительно похожих на данную. С помощью PSI-BLAST NCBI я искала гомологов белка с Accession Number: Q3SXS7.
Запустив алгоритм по базе данных RefSeq с максимальным количеством находок 100, E-value хороших находок > 0.005, я узнала следующие сведения о белке:
ID: gi|123796333|sp|Q3SXS7|Q3SXS7_MOUSE
Название: Tnfrsf13c protein
Длина: 164 аминокислоты
Организм: Mus musculus (мышь)
Данные сведения оказались полезными для стабилизации результатов итераций. Информация об итерациях представлена в таблице 1.
Таблица 1. Протокол итераций для Q3SXS7
№ итерации |
Число находок выше порога (0,005) |
Идентификатор худшей находки выше порога |
E-value этой находки |
Идентификатор лучшей находки ниже порога |
E-value этой находки |
1 |
76 |
XP_005422009.1 |
0.002 |
XP_004481317.1 |
0.015 |
2 |
151 |
XP_003202364.1 |
5е-5 |
XP_005871793.1 |
0.4 |
3 |
170 |
XP_006798027.1 |
5e-4 |
XP_005054102.1 |
0.25 |
4 |
169 |
XP_003202364.1 |
0.003 |
XP_005054102.1 |
0.041 |
5 |
168 |
NP_001032917.1 |
1е-4 |
XP_003202364.1 |
0.006 |
6 |
167 |
XP_006637386.1 |
1е-4 |
XP_003202364.1 |
0.005 |
7 |
169 |
XP_005054102.1 |
0.003 |
XP_005524117.1 |
0.78 |
8 |
169 |
XP_005054102.1 |
0.002 |
XP_003790991.1 |
0.016 |
9 |
169 |
XP_005054102.1 |
0.003 |
XP_003790991.1 |
0.009 |
Первая итерация: все верхние "хорошие" белки принадлежали млекопитающим, поэтому я решила исключить из выборки все белки из организмов не этого таксона: XP_005422009.1; XP_005527798.1; XP_006027737.1; XP_005040004.1; XP_005488807.1; XP_005515007.1; XP_005237495.1; XP_006150780.1 (растение!) Включены в выборку были две последовательности из семейства факторов некроза из организмов млекопитающих: XP_004481317.1 и XP_006894583.1.
Вторая итерация: было добавлено много новых находок. По уже описанному алгоритму я исключила: XP_003202364.1; XP_006637386.1; XP_006120590.1; XP_005523217.1; XP_005487727.1; XP_005018504.1; XP_005506984.1; XP_005420472.1; XP_005241053.1; XP_006025661.1; XP_006146601.1; XP_006146600.1; XP_006146598.1; XP_006146599.1; XP_006146597.1. Была добавлена XP_005871793.1.
Третья итерация: странно, что количество находок так ощутимо растет - я, в основном, удаляю, а не добавляю. Исключены из "хороших": XP_006798027.1; XP_006275382.1; XP_003221050.1; XP_005054103.1; XP_006131520.1; XP_004918333.1; XP_005307647.1; XP_006637386.1; XP_003202364.1; XP_006120590.1; NP_001032917.1; XP_005422009.1; XP_005527798.1; XP_006027737.1; XP_006259961.1; XP_005523217.1; XP_002192624.2; XP_005237495.1; XP_005040004.1; XP_005488807.1; XP_005487727.1; XP_005506984.1; XP_005515007.1; XP_006150780.1. Ничего не добавлено.
Четвертая итерация: почему-то, сколько я ни удаляю записи белков растения, они остаются. На этот раз: XP_006146597.1; XP_006146598.1; XP_006146599.1; XP_006146600.1, XP_006146601.1; XP_006150780.1. Также удалены 16 последних "хороших" находок.
Пятая итерация: исключаю 28 находок
Шестая итерация: исключаю 26 находок
Седьмая итерация: неясно, почему последовательности опять добавились. Однако, если бы не добавились, изменений не было ббы никаких. Пробую исключить те же 26, что и раньше, + 2 новые.
Восьмая итерация: исключаемые мной последовательности добавляютя снова. Думаю, количество итераций этого не изменит. Все же попробую еще раз исключить 28 находок, которые мне не подходят.
Девятая итерация: ничего не изменилось. 28 последовательностей, которые мне не нравятся, я не включу в выравнивание. Тогда худшая находка из "лучших" - XP_004484190.1 с Е-value 2e-13.
В итоге я построила множественное выравнивание и скачала его в формате fasta с гэпами. Можно также посмотреть на выравнивание последовательностей, открытое в JalView (раскраска Crustalx). Еще есть проект в формате jar. Eсть только 1 консервативный блок, который, скорее всего, соответствует активным центрам белков, однако выравнивание не плохое.
© Дарья Горбачева | изменено 8.08.2014 |