Множественные выравнивания. Pfam

Построение множественных выравниваний

С помощью Blast NCBI была составлена выборка из гомологов (формат fasta) ДНК-лигазы пневмококка. В задании было указано, что нужно брать находки с Query cover 70-90%, Ident 50-60%, E value < e^-5, однако не нашлось таких восьми последовательностей, которые бы удовлетворяли всем трем требованиям. Поэтому Query cover некоторых находок меньше 70%.

Рис. 1. Результаты поиска гомологов с помощью BLAST NCBI

• Muscle

Для построения выравнивания в программе muscle была использована следующая команда:

Полученное выравнивание (формат fasta)

Рис. 2. Выравнивание, полученное с помощью muscle

Выравнивание, открытое в JalView, есть в JalView-проекте в конце работы.

• Mafft

Для построения выравнивания в программе mafft была использована следующая команда:

Полученное выравнивание (формат fasta)

Рис. 3. Выравнивание, полученное с помощью mafft

Выравнивание, открытое в JalView, содержится в JalView-проекте в конце работы.

Сравнение выравниваний

Выравнивания гомологов, полученные с помощью mafft и muscle, были выровняны относительно друг друга программой:

Сопоставление выравниваний (формат fasta)

Рис. 4. Сопоставление выравниваний

Видно, что muscle и mafft по-разному выровняли последовательности №5 и №7 относительно прочих, выравнивания которых относитешльно друг друга не отличаются. При этом второе выравнивание (составленное Mafft) лучше.

Домены Pfam-семейств в ДНК-лигазе

C помощью поиска по последовательности в Pfam было найдено 6 Pfam-A-совпадений.

Рис. 5. Результаты поиска доменов в составе ДНК-лигазы с помощью Pfam

Было составлено seed-выравнивание (формат fasta) одного из семейств - доменов NAD-dependent DNA ligase adenylation domain (PF01653.13). Этот домен содержит активный центр ДНК-лигаз, за счет него осуществляется катализ энергозатратного образования фосфоэфирных связей.

Рис. 6. Seed-выравнивание

Итогорый проект jar