Поиск в PubMed

Для обучения работе в базе данных биологических публикаций PubMed мне было дано задание собрать и систематизировать информацию о публикации, за которую выдали Нобелевсвую премию в области физиологии и медицины в 2006-ом году.

Общая информация о Нобелевской премии по физиологии и медицине за 2006 год

Как легко понять из сайта Нобелевского коммитета, Нобелевская премиея в области физиологии и медицины в 2006-ом году была присуждена Эндрю Файеру и Крейгу Мелло "за открытие РНК-интерференции — эффекта гашения активности определённых генов".

Явление РНК интерференции - то есть подавления двухцепочечной РНК трансляции соответствующего ей белка - было известно и до публикации Файера и Мелло, однако данные по этому вопросу были противоречивыми. Экспериментальное исследование Файера и Мелло заключалось в том, что нематодам Caenorhabditis elegans вводились инъекции мРНК, соответствующей белку Unc-22 (снижение его концентрации в клетке ведет к судорогам), комплиментарной ей мРНК и двухцепочечной РНК. Двухцепочечная РНК оказала наиболее сильное воздействие на червя, в остальных двух случаях эффект был очень незначителен. мРНК, комплиментарная участку ДНК данного гена с промоторами и интронами, не оказала на нематоду никакого влияния. Также было показано, что эффект от двухцепочечной РНК передается между клетками тела и даже наследуется: дсРНК, введенная в полость тела червя, ингибировала ген unc-22 в половых клетках, о чем говорило поведение потомтва подвергшихся инъекции червей, в точности копировавшее симптомы потери функций Unc-22. Кроме того, симптомы интерференции наблюдались в соматических клетках нематоды после введения дсРНК в гонады.

Для объяснения таких результатов Файер выдвинул гипотезу о том, что дсРНК катализирует распад гомологичной мРНК на посттрансляционном уровне. Эта гипотеза резко отличалась от представлений того времени: взаимоействие между двумя цепями мРНК.

Открытие механизма РНК интерференции может иметь множество применений. Например, использование дсРНК как противодействия РНК-вирусам, подавления нежелательной деятельности генов и т. д.

Запись премированной статьи

Информация о статье содержалась на странице Press Resease (раздел Reference). Чтобы найти эту статью в PubMed, я ввела в поисковой строке следующее:

PubMed понял этот запрос так (скопировано из поля Search details):

На запрос была выдана единственная статья, которая и была мне нужна (вот также литературная ссылка на нее и оригинальная запись MedLine).

На статью ссылается 1757 публикаций ("Cited by..."). PubMed находит еще 103 статьи близкой тематики ("Related citations in PubMed"), из них 19 являются обзорами ("review"), 48 находятся в открытом доступе ("free").

Дальнейшие исследования Эндрю Файера (одного из лауреатов)

Я создала публичную коллекцию Andrew Fire 2004-2006 из экспериментальных статей Эндрю Файера, написанных в 2004-2006 годах за 2,5 года до 10 декабря 2006 (вручение премии). Она была составлена на основе публикаций, показанных мне PubMed'ом после введения следующего запроса:

В коллекцию включены 2 работы. Одна из них (опубликованная в 2003-ем) непосредственно связана с РНК интерференцией, а другая (опубликованная в 2004-ом) с темами предыдущих исследований связана косвенно, так как исследует белок из того же вида нематоды. Посвящена она гену unc-39 из организма нематоды Caenorhabditis elegans, гомологичному человеческому гену six5, аномалии в последовательности нуклеотидов которого вызывают болезнь Штейнерта. То есть, прозанимавшись некоторое время темой РНК интерференции, Эндрю Файер изменил специализацию.

Другие работы на тему РНК-интерференции

Еще одна публичная коллекция RNA interference была составлена из находящихся в свободном доступе работ других авторов на тему РНК интерференции. Для ее создания я использовалв различные средствa PubMed.

Во-первых, я добавила в коллекцию 3 из 103 статей из раздела Related Citations исходной публикации.

Во-вторых, в коллекцию были включены 2 из 1757 статей, ссылающихся на исходную (раздел Cited by...).

Наконец, в коллекции есть еще 2 из 3112 статей, выданных мне после введения поискового запроса "double stranded RNA interference".