| Главная страница | Семестры | О себе | Ссылки |
Поиск компонент ATФ-синтазы Streptococcus pneumoniae штамм P1031
Ход поиска можно проследить в таблице 1.
Таблица 1. Запросы для поиска белков-компонент АТФ-синтазы пневмококка
№ |
Строка запроса |
Число записей |
Комментарий |
1 |
organism:"Streptococcus pneumoniae" AND name:atp* |
21086 |
Слишком много, нужно уточнить штамм бактерии. |
2 |
organism:"Streptococcus pneumoniae P1031" AND name:atp* |
0 |
Нужно было указать штамм, как подсказывал поисковик, а то он меня не понимает. |
3 |
name:atp* AND organism:"Streptococcus pneumoniae (strain P1031) [488223]" |
102 |
Гораздо лучше, но замечаю, что выводятся результаты, садержащие "atp+что-то" не только в коротком названии гена. Уточню. |
4 |
name:ATP synthase AND organism:"Streptococcus pneumoniae (strain P1031) [488223]" |
8 |
Ура, согласуется с данными, полученными здесь. |
Удалось найти 8 компонент АТФ-синтазы, 7 из которых вошли в раздел Swissprot (то есть были проверены экспертом), 1 осталась в TrEMBL. Доказательства существования всех белков были выведены из гомологии. Все компоненты ко-локализованы, то есть их гены находятся рядом.
Рис. 1. Скриншот результатов правильного запроса для поиска компонент АТФ-синтазы пневмококка в Uniprot
Скачать файл с последовательностями всех компонент можно здесь.
Поиск компонент ATФ-синтазы Streptococcus thermophilus штамм LMG 18311
Я выбрала эту бактерию для поиска компонент АТФ-синтазы, так как был секвенирован ее полный геном. По аналогии с правильным запросом для пневмококка для поиска я составила следующий запрос:
name: ATP synthase AND organism:"Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) [264199]" |
Запрос выдал 7 компонент АТФ-синтазы, 6 из которых вошли в раздел Swissprot, 1 осталась в TrEMBL. Доказательства существования всех белков были выведены из гомологии. Все компоненты ко-локализованы.
Рис. 2. Скриншот результатов запроса для поиска компонент АТФ-синтазы термококка в Uniprot
Скачать файл с последовательностями всех компонент можно здесь.
Поиск гомологов cубъединицы А
Для поиска гомологов использовался сервис BLAST, ищущий сходные с данной, а значит, скорее всего, гомологичные ей последовательности.
Рис. 3. Запрос для BLAST. Количество востребованных находок увеличено до 1000 из-за большого чиста идентичных или практически идентичных данной последовательностей.
Рис. 4. Скриншот выыбранных находок
Из выданных 1000 результатов я выбрала 10 (выбирала проверенные, преимущественно из разных видов), файл с последовательностями этих белков в формате fasta представлен здесь.
Данные об изученности Streptococcus pneumoniae штамм P1031 на молекулярном уровне
Таблица 2. Сводная таблица протеома пневмококка
Значение PE |
Запрос |
Количество находок |
||
Всего |
Swissprot |
TrEMBL |
||
Bсе |
organism:"Streptococcus pneumoniae (strain P1031) [488223]" |
2069 |
282 |
1787 |
Uncertain |
organism:"Streptococcus pneumoniae (strain P1031) [488223]" AND existence:uncertain |
0 |
0 |
0 |
Predicted |
organism:"Streptococcus pneumoniae (strain P1031) [488223]" AND existence:predicted |
1389 |
0 |
1389 |
Inferred prom homology |
organism:"Streptococcus pneumoniae (strain P1031) [488223]" AND existence:"inferred from homology" |
677 |
279 |
398 |
Evidence at transcript level |
organism:"Streptococcus pneumoniae (strain P1031) [488223]" AND existence:"evidence at transcript level" |
0 |
0 |
0 |
Evidence at protein level |
organism:"Streptococcus pneumoniae (strain P1031) [488223]" AND existence:"evidence at protein level" |
3 |
3 |
0 |
Из таблицы видно, что, хоть геном пневмококка и был изучен полностью, но не был изучен основательно. Существование почти всех белков либо предсказано, либо выведено из гомологии.
© Дарья Горбачева | изменено 8.08.2014 |