Комплексы ДНК-бело

Предсказание вторичной структуры тРНК

С помощью различных методов будет обрабатываться следующая последовательность РНК.

Сначала было получено предсказание вторичной структуры с помощью команды einverted (на рисунке 1). Результат.

Рис. 1. Команда einverted

Далее структура РНК была предсказана с помощью RNAfold WebServer, реализующего алгоритм Зукера. Графическое представление результата на рисунке 2, а вот текстовое.

Рис. 2. Предсказание по алгоритму Зукера

Работа алгоритмов по предсказанию сравнивается в таблице 1.

Таблица 1. Сравнение предсказаний вторичной структуры РНК

Алгоритм Зукера сработал как-то получше.

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

В таблице 2 - контакты разного типа в комплексе 1А02.

Таблица 2. Контакты разного типа

Далее была получена схема ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot (как на рисунке 3). Вот схема контактов в формате .ps. На рисунках 4-6 - выдача программы в виде изображений.

Рис. 3. Получение схемы ДНК-белковых контактов

Рис. 4-6. Схема ДНК-белковых контактов

Наибольшее количество контактов с ДНК имеет Asn147 - 3 контакта (изображен на рисунке 7).

Наиболее важные для распознавания ДНК те остатки, что взаимодействуют с напрямую с атомами азотистых оснований, например, Asn272 (на рисунке 8).

Рис. 7. Asn147 (толстый)

Рис. 8. Asn272 (толстый)