Нуклеотидные банки данных

Качество сборки генома C. elegans

Рис. 1. Микрофотография Caenorhabditis elegans

В качестве организма, информацию о сборках генома которого я буду представлять, была выбрана нематода Caenorhabditis elegans. Это популярный модельный организм для изучения различных молекулярно-биологических процессов (например, РНК-интерференции), а также биологии развития, генетики и т.д. Поэтому я предположила, что это животное будет очень хорошо изучено, а геном будет отсеквенирован полностью, притом возможно, что не единожды.

Осуществив поиск по названию организма в базе данных Genomes NCBI, я выяснила:

• Для организма есть две сборки генома (GCA_000002985.3 и GCA_000975215.1).

• Эти сборки соответствуют двум крупным проетам по полногеномному секвенированию и двум образцам. Интересно, что более мелких проектов (по транскриптому, неполногеномному секвенированию) целых 594 на момент написания мной этого отчета.

Представляю информацию о сборке GCA_000975215.1.

• Описание образца

• • Идентификатор: BioSamples - 3334911

  • Организм: Caenorhabditis elegans Hawaiian Strain CB4856

  • Опиcание: штамм СВ4856 вышеназванной нематоды был получен в 1972 году на острове Мауи. Этот штамм сложен в изучении значительно отличается от более популярного N2 - например, наличием сфрагиса, тенденциями к социальному поведению (аггрегация), менее сильной корреляцией между температурой среды и размером тела и т.д.

  • Образец использован в проекте: PRJNA275000

  • Предоставлен: Университетом Вашингтона 2 сентября 2015.

• Описание проекта

• • Идентификатор: 275000

  • Тип: секвенирование и сборка генома (получены последовательности 5 аутосом, половой хромосомы, митохондриальной плазмиды).

  • Публикация на основе проекта: Remarkably Divergent Regions Punctuate the Genome Assembly of the Caenorhabditis elegans Hawaiian Strain CB4856.

  • Таксономия объекта изучения: Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Nematoda; Chromadorea; Rhabditida; Rhabditoidea; Rhabditidae; Peloderinae; Caenorhabditis; Caenorhabditis elegans

  • Технология секвенирования: Illumina.

  • Предоставлен: Университетом Вашингтона 21 апреля 2015.

• Число контигов: 16 (на странице проекта указано число 17, но в таблице с информацией о контигах 16 позиций).

• Число скэффолдов: 15 (по одному на каждую хромосому и 9 неустановленного положения).

• Таблица контигов/скэффолдов (формат .txt): *ссылка*

• N50: 14890789 п.о.

• L50: 3

• Самый длинный контиг: 20182852 п.о.

• Самый короткий контиг: 607 п.о.

• Пример последовательности контига: *ссылка*

Митохондриальные гены мха

Рис. 2. Мох Anomodon rugelii

Для исследования мне достался мох Anomodon rugelii из семейства Anomodontaceae. С помощью запроса Anomodon rugelii[Organism] AND Mitochondrion[Filter] в базе данных Nucleotide NCBI я нашла два варианта последовательности. Не думаю, что они сильно различаются: выложены с разницей в три дня одними и теми же авторами по одной и той же публикации. Я выбрала первую, поскольку она из RefSeq (базы данных проверенных геномов). Далее я перешла по ссылке Genome в колонке Reference Information, это перевело меня на страницу с таблицей о митохондриальных генах (рис. 3).

Рис. 3. Данные о митохондриальном геноме Anomodon rugelii

Данные по таблице:

• Общее число генов: 76

• Число генов РНК: 27

• Число генов белков: 46

• Число псевдогенов: 3

Дальше я прошла по ссылке Gene в Related Information и попала на страницу с информацией о генах. С помощью опции Sort by Chromosome я сохранила ее так, что гены располагаются в порядке следования по цепи.

Ключи, используемые в таблицах особенностей

Ключи были найены на сайте INCDC по самой нижней ссылке на странице (ссылка ведет сюда, нужная информация в разделе Appendix II). Примеры кликабельны.

BLASTN

Выложено на странице предыдущего практикума "Чтение последовательностей по Сэнгеру".