| Главная страница | Семестры | О себе | Ссылки |
Построение дерева
Бактерии, случайно вбранные из данного в задании списка, представлены в таблице 1.
Таблица 1. Выбранные бактерии
Название |
Мнемоника |
Bradyrhizobium diazoefficiens |
BRADU |
Burkholderia cenocepacia |
BURCA |
Ralstonia pickettii |
RALPJ |
Pseudomonas aeruginosa |
PSEAE |
Enterobacter sp. 638 |
ENT38 |
Escherichia coli |
ECOLI |
Yersinia pestis |
YERPE |
Vibrio fischeri |
VIBFM |
Скобочная формула дерева:
(BRADU, ((BURCA, RALPJ), ((((ENT38, ECOLI), YERPE), VIBFM), PSEAE))); |
Далее с помощью программы MEGA по скобочной формуле было построено дерево, оно на рисунке 1.
Рис. 1. Изображение дерева
Нетривиальные ветви дерева:
{BURCA, RALPJ} vs {BRADU, PSEAE, ENT38, ECOLI, YERPE, VIBFM}
{BURCA, RALPJ, BRADU} vs {PSEAE, ENT38, ECOLI, YERPE, VIBFM}
{BURCA, RALPJ, BRADU, PSEAE} vs {ENT38, ECOLI, YERPE, VIBFM}
{BURCA, RALPJ, BRADU, PSEAE, VIBFM} vs {ENT38, ECOLI, YERPE}
{BURCA, RALPJ, BRADU, PSEAE, VIBFM, YERPE} vs {ENT38, ECOLI}
Восстановление таксономии
С помощью сервиса Taxonomy NCBI требовалось определить таксономию проариот из дерева. Результаты в таблице 2.
Таблица 2. Таксономия выбранных бактерий
Название |
Мнемоника |
Таксономия |
Bradyrhizobium diazoefficiens |
BRADU |
сellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bradyrhizobiaceae; Bradyrhizobium |
Burkholderia cenocepacia |
BURCA |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex |
Ralstonia pickettii |
RALPJ |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Ralstonia |
Pseudomonas aeruginosa |
PSEAE |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas; Pseudomonas aeruginosa group |
Enterobacter sp. 638 |
ENT38 |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Enterobacter |
Escherichia coli |
ECOLI |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia |
Yersinia pestis |
YERPE |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex |
Vibrio fischeri |
VIBFM |
cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Vibrionales; Vibrionaceae; Aliivibrio |
Видно, что некоторые ветви соответствуют таксонам. Как то:
{BURCA, RALPJ} - семейство Burkholderiaceae
{BURCA, RALPJ, BRADU, PSEAE, VIBFM} - класс Gammaproteobacteria
{ENT38, ECOLI, YERPE} - семейство Enterobacteriaceae
© Дарья Горбачева | изменено 7.04.2016 |