Укоренение и бутстрэп

Укоренение в среднюю точку

Для укоренения использовалось филогенетическое дерево, построенное методом Neighbor Joining Using % Identity в JalView (на рисунке 1). С помощью программы retree оно было укоренено в среднюю точку (то есть за корень принялась середина самой длинной ветви) - результат на рисунке 2.

Рис. 1. Дерево, построенное по выравниванию энолазы

Рис. 2. Укоренение в среднюю точку

Использование внешней группы

Как в практикуме 2, были скачаны последовательности энолазы, только теперь к ним была добавлена энолаза Bacillus subtilis - внешняя группа. На полученном по выравниванию дереве (метод максимальной парасмонии) за корневую была принята ветвь, ведущая к внешней группе, а сама внешняя группа не изображена. Результат на рисунке 3.

Рис. 3. Дерево, построенное по внешней группе

Бутстрэп

С помощью программы MEGA проведен бутстрэп-анализ методом Neighbour Joining с числом реплик, равным 100. Результат на рисунке 4.

Рис. 4. Дерево, построенное c бутстрэп-анализом