Геномное окружение

Опероны, DOOR

Гены, входящие в оперон с заданным геном yscF из Yersinia pestis, были найдены с помощью DOOR. Результат - оперон 44062 (на рисунке 2).

Рис. 1. Оперон 44062 (в оранжевой рамке)

В состав оперона входят следующие гены:

• yscB. Продукт: компонент системы секреции типа III

• yscC. Продукт: предшественник секретина во внешней мембране

• yscD. Продукт: белок, обесечивающий вирулентность

• yscE. Продукт: компонент системы секреции типа III

• yscF. Продукт: компонент системы секреции типа III

• yscG. Продукт: компонент системы секреции типа III

• yopR. Продукт: секретируемый белок

• lcrO. Продукт: компонент системы секреции типа III

• ylpB. Продукт: липопротеин комплекса системы секреции типа III

• yscK. Продукт: компонент системы секреции типа III

• yscL. Продукт: компонент системы секреции типа III

Очевидно, что все белки в опероне функционально связаны - они составляют бактериальную систему секреции типа III, участвующую в обеспечении вирулентности.

Геномное окружение, STRING

В базе данных STRING была найдена информация о данном мне гене yscF из пяти организмов, 3 из которых принадлежат тому же классу(Gammaproteobacteria), что и нужный мне организм (Yersinia pestis CO92). Карта связей для одного из них (Vibrio tubiashii) изображена на рисунке 2.

В геномном окружении найдено 10 белков. Карта связей на рисунке 1.

Рис. 2. Карта связей между белками из геномного окружения yscF

Из-за того, что анализировался другой организм, нужно было установить соответствие между генами из выдачей STRING и DOOR. Для большинства генов в рассмотренном геномном окружении функция анотирована неточно, но ясно, что они относятся к системе секреции типа III. Для двух из трех гаммапротеобактерий (Vibrio tubiashii и Vibrio parahaemolyticus) в геномном окружении было обнаружено столько же генов, что и в опероне 44062 Yersinia pestis, у оказалось на один ген меньше. То есть от изучемого оперона можно ожидать консервативности, а значит, можно делать выводы из данных для организмов того же класса.

В из данных по трем организмам в геномное окружение yscF входят: yscC, yscD, nosA, yscK, yscL, yopD, pscD и другие гены, которые не были охарактеризованы.

Метаболические пути, KEGG

В KEGG был нйден метаболический путь, в который входит yscF - hne03070, бактериальная система секреции (на рисунке 3).

Рис. 3. Метаболический путь, в который входит yscF (отмечен красным) - hne03070. Гены из оперона и окружения отмечены зеленым

Итоги

Таблица 1. Сведения об опероне