| Главная страница | Семестры | О себе | Ссылки |
Отнесение ДНК лигазы LigA к териминам GO
Требовалось отнести к терминам GO мой белок из 1-го семестра - НАД-зависимую ДНК лигазу Streptococus pneumoniae R6 (NP_358618.1). Для этого с помощью BLAST AmiGo в базе данных Gene Onthology был найден наиболее на нее похожий белок: такая же ДНК лигаза из бактерии того же класса - Bacillus anthracis str. Ames (p value 1.9e-177).
Со страницы лучшей находки BA_0306 я перешла по ссылке terms associations c описанием белка в тепрминах GO. Данные страницы и описание кодов достоверности представлены в таблицах 1 и 2.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором UniProt Q81ZG1 (DNLJ_BACAN)
Аспект |
Идентификатор GO |
Название термина |
Перевод названия термина |
Код типа достоверности |
Биологический процесс (biological process) |
GO:0006310 |
DNA recombination |
Рекомбинация ДНК |
ISS |
Биологический процесс (biological process) |
GO:0006281 |
DNA repair |
Репарация ДНК |
ISS |
Биологический процесс (biological process) |
GO:0006260 |
DNA replication |
Репликация ДНК |
ISS |
Молекулярная функция (molecular function) |
GO:0003911 |
DNA ligase (NAD+) activity |
Деятельность НАД-зависимой ДНК лигазы |
ISS |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1
Код типа достоверности |
Расшифровка кода типа достоверности |
Объяснение |
ISS |
Inferred from Sequence or structural Similarity |
Используется для аннотаций, проведенных вручную (человеком) с помощью нескольких методов, например, путем анализа выравнивания, сравнения с ортологом и др. |
В терминах GO отображены функции белка. Интересно, что, зная о лигировании как о наиболее частном из перечисленных выше проценнов-терминах, можно судить о функциях лигирования: происходит при рекомбинации, репарации, репликации.
Описание термина GO:0006281 (DNA repair/репарация ДНК)
Таблица 1. Основные свойства GO:0006281
Идентификатор/Accession |
GO:0006281 |
Название/Name |
DNA repair/Репарация ДНК |
Аспект онтологии/Onthology |
Biological Process/Биологический процесс |
Синонимы/Synonyms |
None |
Определение/Definition |
Процесс восстановления ДНК после повреждения. Геномы подвергаются повреждениям засчет химических и физических воздействий из среды(например, ультрафиолет и ионизирующиее излучение, химические мутагены, грибные и бактериальные токсины и т.д.), а также засчет действия свободных радикалов или алкилирующих агентов, формируемых эндогенно в просессе метаболизма. Кроме того, ДНК повреждается из-за ошибок в ходе репликации. Известно множество каскадов репарации, в том числе прямая, исключение основания, исключение нуклеотида, фотореактивация, обходная, репарация мисматчей и двухцепочечных разрывов |
Комментарий/Comment |
None |
Число родителей (из них логически определенных) |
21 (19) |
Число потомков (из них логически определенных) |
24 (0) |
На рисунке 1 раф отношений термина с родителями. Видно, что граф очень логичный, если не сказать очевидный: снизу вверх идут переходы от частного к общему, которые в итоге приводят к одному из трех самых "верхних" терминов GO - биологическому процессу. Из большого размера графа (обилия родителей) можно заключить, что процесс репарации (мой термин) многогранный - может быть описан с разных точек зрения.
Рис. 1. Отношения термина GO:0006281 с родительскими терминами. Видно, что все стрелки на изображении обозначают отношение is a - то есть дочерние термины являются частными случаями родительских
© Дарья Горбачева | изменено 26.09.2016 |