Профили
В качестве подсемейства были выбраны домены семейства PF00340 из белков таксона Mammalia с доменной архитектурой, содержащей один лишь домен IL1. В отдельное выравнивание из выравнивания всей выборки были выделены последовательности этого подсемейства.
Программой hmm2build был построен профиль по этому выравниванию и откалиброван программой hmm2calibrate
Профилем был произведен поиск в программе hmm2search при E-value 1E-12.
Вычислены следующие параметры:
TP G FN TN FP 228 397 169 574 148 R = TP/(TP+FN) PPV = TP/(TP+FP) 0,574307305 0,606382979
Это достаточно хороший результат
Все последовательности
Выравнивание, покоторому строился профиль
Золотой стандарт
Профиль
Выдача поиска
Расчеты