Классификация ферментов (EC)
Для описания был выбран фермент №17 с идентификатором Uniprot P21802
Сбор информации о своем ферменте
Исследуемый белок является рецептором фактора роста фибробластов 2
Его EC: 2.7.10.1. Ниже приведена расшифровка этого кода:
2-трансфераза
2.7-переносит группы, содержащие фосфор
2.7.10 киназа белкового тирозина
2.7.10.1 рецепторная киназа белкового тирозина
Этот фермент катализирует следующую реакцию:
ATФ + a [белок]-L-тирозин = AТФ + a [белок]-L-тирозин фосфат
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?
С помощью SRS было установлено,сколько ферментов человека обладают схожей функцией:
2 - 2.067 ферментов
2.7 - 1.013 ферментов
2.7.10 - 191 ферментов
2.7.10.1 - 136 ферментов
Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?
С помощью UniProt был получен список и fasta файл всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым исследуемого фермента.:
2 - 1,739
2.7 - 902
2.7.10 - 171
2.7.10.1 - 113
Программой blastp был осуществлен поиск среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходных по последовательности с исследуемым ферментом.
Было найдено очень большое количество белков(366), несмотря на достаточно низкий порог E-value (1 E-12). Достоверными гомологами можно считать лучшие 69 хитов. У всех них ЕС совпадает с исследуемым белком. Результаты представлены
в таблице.