The Human Protein Atlas

Введение

Выбрал для обзора сервис The Human Protein Atlas, так как он уж очень радует глаз своими схемами и картинками. Хотя в этом плане, многие из представленных на занятии базы данных хороши (Reactome, например, там большущие, но в то же время не перегруженные лишними деталями, схемы и карты).

Еще один из критериев почему сайт понравился, интерфейс не перегружен, не нужно много времени, чтобы начать ориентироваться, это ценно не только на первых порах, но и при постоянной работе. Приятнее работать в пространстве, наиболее приближенном к минимализму (даже если человеку кажется, что он любит беспорядок, он от этого устает). Именно поэтому можно начать просто с того, что мы видим на главной странице сайта. Сверху вниз: название, навигационная панель, поисковая строка, основные секции (то же, что в SECTION, но в виде плиток), потом несколько панелек c новостями (выборка из раздела NEWS) и футер с контактной информацией. В общем, на мой взгляд, всё замечательно, ничего лишнего.

LEARN

Из всех разделов решил остановиться на LEARN. В общем можно сказать, что это сборка красивых справочных данных.

Далее кратко по пунтам: Dictionary содержит общую информацию по гистологии, патофизиологии и клеточным структурам, такой можно сказать наглядный интерактивный мини-учебник со ссылками на научные публикации по темам

Protein classes — краткое описание генов, идентифицированных в различных классификациях белков

Protein evidence — хромосомно-ориентированное обобщение данных о существовании белков для всех предсказанных генов, кодирующих белки человека.

Methods — сборка кратких статей с Summary наиболее популярных методов и технологий в разных областях исследований

Educational videos — 18 учебных видео по физиологии с хорошей 3D-визуализацией

Поиск генов

Теперь рассмотрим как устроен поиск. Он происходит только по генам (несмотря на название сайта). Ключевые слова ищутся и в названии, и в описании, и возможно еще где-то. По умолчанию выводит 15 колонок (можно видеть на картинке внизу или по ссылке). О том, что каждая из них означает можно узнать если нажать на букву ⁱ возле названия колонки и при наведении на соответствующую ячейку таблицы.

Также есть возможность показать больше столбцов при поиске, гораздо больше. И тут тоже есть ⁱ для получения краткой справки

Естественно есть возможность скачать выдачу и, что немаловажно, это тоже можно настраивать.

Заключение

В общем, обзор основных возможностей The Human Protein Atlas считаю завершенным, потому что рассказывать дальше про какие-то частности не имеет особого смысла.