Филогенетические деревья

Для построения филогенетического дерева выбрал следующие виды бактерий

Mycobacterium tuberculosis	MYCTU
Mycolicibacterium vanbaalenii	MYCVP
Nocardioides sp.	NOCSJ
Rhodococcus jostii	RHOJR
Rubrobacter xylanophilus	RUBXD
Streptomyces avermitilis	STRAW
Thermobifida fusca	THEFY

Скобочная формула дерева

((((STRAW, THEFY), NOCSJ),((MYCVP, MYCTU), RHOJR)), RUBXD);

Изображение дерева

Построено с использованием веб-приложения iTOL

Ветви дерева

Дерево содержит 4 нетривиальные ветви (разбивают множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента)

1) {STRAW, THEFY} против {NOCSJ, MYCVP, MYCTU, RHOJR, RUBXD}

2) {STRAW, THEFY, NOCSJ} против {MYCVP, MYCTU, RHOJR, RUBXD}

3) {STRAW, THEFY, NOCSJ, RUBXD} против {MYCVP, MYCTU, RHOJR}

4) {STRAW, THEFY, NOCSJ, RUBXD, RHOJR} против {MYCVP, MYCTU}

Таксономия бактерий и её отражение в дереве

Для поиска таксономии пользовался таксономическим сервисом NCBI, ниже список в формате "• вид (мнемоника): таксон; ... таксон"

• Mycobacterium tuberculosis (MYCTU): cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycobacterium
• Mycolicibacterium vanbaalenii (MYCVP): cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycolicibacterium
• Nocardioides sp. (NOCSJ): cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Propionibacteriales; Nocardioidaceae
• Rhodococcus jostii (RHOJR): cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Nocardiaceae; Rhodococcus
• Rubrobacter xylanophilus (RUBXD): cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter
• Streptomyces avermitilis (STRAW): cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Kitasatosporales; Streptomycetaceae; Streptomyces
• Thermobifida fusca (THEFY): Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida

Все бактерии относятся к типу Actinomycetota. Rubrobacter xylanophilus (RUBXD) принадлежит классу Rubrobacteria, тогда как другие выбранные бактерии классу Actinomycetes, это отражено на дереве.

Mycobacterium tuberculosis (MYCTU) и Mycolicibacterium vanbaalenii (MYCVP) имеют общую таксономию вплоть до семейства Mycobacteriaceae, на дереве образуют нетривиальную ветвь 4 (см. пункт Ветви дерева). Также эти две бактерии вместе с Rhodococcus jostii (RHOJR) образуют нетривиальную ветвь 3, выделяющую порядок Mycobacteriales