Задание 1. ЭП: хорошая и плохая расшифровки.

Пространственное выравнивание структур показывает, что каких-то заметных различий в их структурах нет

  fetch 3K34
  fetch 6Q9T
  hide everything
  show cartoon, 6Q9T | 3K34
  align 3K34, 6Q9T
  zoom 3K34
scene in pymol
Рис. 1. Результат пространственного выравнивания: 3K34 зеленый, 6Q9T голубой
task1_1.pse

Выбрал для сравнения электронной плотности (ЭП) остатки 92-96, так как они входят в составе бета-слоя "в глубине" белка, поэтому их положение должно слабо отличаться между белками.

  fetch 3K34
  fetch 3K34, type=2fofc
  hide everything
  sele 3K34 & backbone & resi 92-96
  show sticks, sele
  isomesh 3K34_mesh, 3K34_2fofc, 1, selection=sele, carve=2
  cmd.color_deep("gray70", '3K34_mesh', 0)

  fetch 6Q9T
  fetch 6Q9T, type=2fofc
  hide everything
  sele 6Q9T & backbone & resi 92-96
  show sticks, sele
  isomesh 6Q9T_mesh, 6Q9T_2fofc, 1, selection=sele, carve=2
  cmd.color_deep("gray70", '6Q9T_mesh', 0)
Рис. 2. Визуализация экспериментальной электронной плотности для структур: 3K34 зеленый, 6Q9T голубой. Уровень подрезки 1 (carve=2)

В записи 3K34 плотность лучше согласуется с положениями отдельных атомов, думаю, исходя из этого можно предположить, что она имеет лучшее разрешение. Данные cо страниц записей белков согласуются с предположениями:
для 3K34 — Resolution: 0.90 Å,
для 6Q9T — Resolution: 2.68 Å

task1_2.pse

Задание 2. ЭП и положение в структуре.

Что это за регионы? Где они расположены относительно всей молекулы? Насколько хорошо они взаимодействуют с остальным белком? Есть ли тут тенденция?

  fetch 2PIU
  fetch 2PIU, type=2fofc
  hide everything
  sele 2PIU & backbone
  show sticks, sele
  isomesh 2PIU_mesh, 2PIU_2fofc, 1, selection=sele, carve=2
  draw 1800, 2200
Рис. 3. Электронная плотность вокруг атомов модели 2PIU при уровнях подрезки 1 (слева), 2 (по центру), 3 (справа).

При уменьшении уровня подрезки ЭП немного заметнее пропадает с поверхностных участков белка, особенно с петель. Такие участки обладают большей подвижностью, из-за чего данные о их ЭП в ходе экспериментов получаются с меньшей точностью. Эти участки слабее других взаимодействуют с остальным белком.

task2.pse

Задание 3. ЭП и типы атомов.

Запись 2PIU имеет два лиганда 4HY DHT. Построю ЭП для первого.

  fetch 2PIU
  fetch 2PIU, type=2fofc
  hide everything
  sele lig, resn 4HY
  show sticks, lig
  isomesh lig_mesh, 2PIU_2fofc, 1, selection=lig, carve=2
  draw 1900, 2200
Рис. 4. Электронная плотность вокруг лиганда 4HY в модели 2PIU при уровнях подрезки 1 (слева), 2 (по центру), 3 (справа).

На уровне подрезки 1 непокрытым электронной плотностью остался только крайний правый атом кислорода. Покрытие при увеличении уровня подрезки уменьшается. На уровне 3 остаются только атомы йода. Думаю, что это из-за их большого размера, у них больше электронных оболочек, лучше осуществляют дифракцию рентгеновских лучей.

task3.pse