Смодулированн процесс эволюции исходной последователности,исходя из дерева, приведенного в скобочной форме записи. Далее проанализированна полученная модель.
В качестве исходной последовательности для мутаций был взят ген репессора лактозного оперона у Escherichia coli (LacI_ecoli). С помощью программы msbar были получены мутантные последовательности, соответствующие всем узлам дерева, заданного в скобочной форме записи. Эволюционные расстояния, приведенные в данной скобочной структуре из расчета замен на 100 нуклеотидов, были пересчитаны на полную длинну последовательности гена LacI.
Данное дерево в скобочной форме записи:
(A:100(((B:60,C:60):10,D:70):20,(E:70, F:70):20):10)
Эволюционное дерево:
Вычисления расстояний с пересчетом на длину последовательности
Скрипт, поданный в программу msbar msbar laci.embl a.embl -point 4 -count 1082 -auto Анализ модели Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями Сравнение методов реконструкции деревьев |
|
Back HOME |