Анализ филогенетических деревьев глобинов и глутаминсинтетаз
| |
Анализ филогенетических деревьев глобинов и глутаминсинтетаз |
Определение паралогов и ортологов в семействе глобинов |
Сравнение филогенетического дерева ортологичных глутаминсинтетаз и таксономии организмов |
Разбор филогенетическое дерево глобинов
Разбор части филогенетического дерева глутаминсинтетаз (все белки - ортологи).
В красных прямоугольниках находяться представители надцарства Бактерий
В голубых овалах - представители надцарства Архей.
Главная страница
В дереве ортологи объедены в группы.
Для наглядности каждая обведена и выделена своим цветом.
Пример:
Следующие ортологи : белок полученый
из организма лошади (Horse), белок из человека (Human),
белок из цыплёнка (Chicken) - объедены в одну группу и выделены красным цветом. (верхний правый угол)
Паралоги обозначены нижним подчеркиванием. У каждой группы паралогов свой цвет
Пример:
У паралогов Xenоpus находящихся в одной группе - зелёное подчеркивание(
)
А у человека (Human) - жёлтое (
)
]
Как видим из рисунка белки организмов принадлежащих одному надцарству перемешаны с другими.
Это можно объяснить тем, что надцарство Архей мало изучено. И истинная классификация в нём - "белое пятно".
Ещё один вариант объяснения - может в последовательности бактерий (и архей) происходили часто мелкие изменения. Ну например
трансформации и трансдукции --> возникли некоторое количество чужеродных генов, кодирующие "чужеродные" белки.
cellular organisms;
Bacteria;
Proteobacteria;
Gammaproteobacteria;
Pasteurellales;
Pasteurellaceae
cellular organisms;
Bacteria;
Proteobacteria;
Gammaproteobacteria;
Enterobacteriales;
Enterobacteriaceae
cellular organisms;
Bacteria;
Thermotogae;
Thermotogae (class);
Thermotogales
cellular organisms;
Bacteria;
Firmicutes;
Bacilli;
Bacillales;
Bacillaceae
cellular organisms;
Bacteria;
Firmicutes;
Bacilli;
Lactobacillales
cellular organisms;
Bacteria;
Firmicutes;
Bacilli;
Lactobacillales
cellular organisms;
Archaea;
Crenarchaeota;
Thermoprotei;
Sulfolobales;
Sulfolobaceae
cellular organisms;
Archaea;
Euryarchaeota;
Archaeoglobi;
Archaeoglobales
cellular organisms;
Archaea;
Euryarchaeota;
Thermococci;
Thermococcales
cellular organisms;
Archaea;
Euryarchaeota;
Halobacteria;
Halobacteriales
cellular organisms;
Archaea;
Euryarchaeota;
Methanococci;
Methanococcales
Эволюционная модель