Эволюционная модель

По заданию нам было дано дерево, в виде сценария эволюции нуклеиновой последовательности.

((A:80,B:80):20, (((C:20,D:20):10,E:30):80, F:80):10);

По этому сценарию, при помощи автофигур редактора Word, я построил графическую визуализацию дерева:

Затем мне было дано последовательность гена для которого были проведены последующие действия. Его последовательность иожно най ти пройдя по следующей ссылке: BAA16466
Нами была проведена мутация данной последовательности. При мутации мы учитывали что:

Мутация может пройти в любой аминокислоте

Мутация может пройти в обратном направлении

При повторении мутации два раза (или более) мы не получим одинаковые последовательности

Для проведения мутации мы воспользовались программой msbar пакета программ EMBOSS. Для облегчения работы был создан следующий скрипт:

msbar BAA16466 mut1 -point 4 -count 138 -auto msbar BAA16466 mut2 -point 4 -count 69 -auto msbar mut1 A -point 4 -count 552 -auto msbar mut1 B -point 4 -count 552 -auto msbar mut2 mut3 -point 4 -count 552 -auto msbar mut3 mut4 -point 4 -count 69 -auto msbar mut4 C -point 4 -count 138 -auto msbar mut4 D -point 4 -count 138 -auto msbar mut3 E -point 4 -count 207 -auto msbar mut2 F -point 4 -count 552 -auto

В этом скрипте каждая строчка - мутация соответствующей последовательности.
Для незнающих принципов работы UNIX'а:

msbar BAA16466 mut1 -point 4 -count 138 -auto msbar - команда в UNIX'е для мутации последовательности BAA16466 - мутируемая последовательность mut1 - результат мутации -point 4 -count 138 -auto - параметры по которым проводилась мутация

Более подробная информация об анализе прведённх мутаций вы можете найти здесь, также там, если постараться, можно найти сравнение программ по построению деревьев.

Перейти на файл про сравнение деревьев (doc)

Анализ модели

(Скачать прак в формате xls)

Истинные расстояния в моей модели: число точечных замен на 100 нуклеотидов

Матрица попарного сходства:среднее число совпадающих нуклеотидов на 100 позиций

Матрица попарных расстояний, вычисленных по методу Джукса - Кантора

Для того, чтобы определить наиболее подходящий метод для построения дерева было произведено сравнение вышележащих таблиц (для этого был построен график матриц попарных растояний (сходств)):

Как видно из рисунков наиболее правдоподобен метод Джукса-Кантора. Это особенно легко заметить по левому рисунку. Если посмотреть повнимательнее на него то можнозаметитьчто: до 40 единиц по истинному растоянию - они идут "ноздря к ноздре", а затем метод Джукса-Кантора "уходит в отрыв". Своё лидеоство он оставляет за собой до конца. Но на участке от 220 едениц результаты этого метода резко падают. Но по-сравнению с методом %ID этод результат можно считать великолепным.

Главная страница

Анализ деревьев