Бутстреп-анализ и визуализация деревьев в пакете PHYLIP

Первая задача настоящей работы - провести бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям всё того же дерева

Последовательно используя программы seqboot, dnaml и consense по выравниваниям было построено дерево, представленное справа >>>

Топология консенсусного дерева совпадает с потологией исходного дерева полностью. Значения консенсусного дерева впечатляют: одно из 3 разбиений встретилось в 95% случаях, а остальные 2 разбиения во всех 100%. 

                              +------CLEE VAX57
                       +100.0-|
                +100.0-|      +------CLFF KONEC
                |      |
         +-95.0-|      +-------------CLDD HHOKK
         |      |
  +------|      +--------------------CLAA ABLOM
  |      |
  |      +---------------------------CLBB MOLBA
  |
  +----------------------------------CLCC FORS4
Далее было постоено ещё одно дерево, при построении которого использовался алгоритм Jackknife, а не Bootstrap.

Топология так же совпадает c топологией исходного дерева. Дерево представлено справа >>>

Цифры несколько менее убедительны, но только в сравнении с деревом, построенным Bootstrap`ом: первая из трёх ветвей встретилась в 94% случаях, вторая - в 96% случаях, третья - во всех 100%. 

                       +------CLBB MOLBA
                +-96.0-|
         +100.0-|      +------CLCC FORS4
         |      |
  +------|      +-------------CLAA ABLOM
  |      |
  |      |             +------CLFF KONEC
  |      +--------94.0-|
  |                    +------CLEE VAX57
  |
  +---------------------------CLDD HHOKK
Вторая задача работы - создать программами пакета PHYLIP два графических изображения дерева, которое было получено в прошлой работе методом Neighbor-Joining. Дерево построено в бескорневом виде (а) и в виде филограммы (б), укоренённой в среднюю точку:

(a) С помощью программы drawtree построено дерево в бескорневом виде:
(б) C помощью двух программ:
  • retree - укореняет дерево в среднюю точку,
  • drawgram - создаёт изображение дерева,
построено дерево в виде филограммы, укоренённой в среднюю точку:

На главную...

© Трушкин Никита,2005