"Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART"

После полуения изображения доменной структуры белка FABG_ECOLI.
В белке один домен adh_short.
Эталонное выравнивание из SMART.
                                                                                                                                                             
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0            
Y J G I _ E C O L I   :   Y H A S V E A A R Q M P - - - - E G - - G R I L I I G S V N G D R M P V A G M A A Y A A S K S A L Q G M A R G L A R D F G   :   5 5
F A B G _ A R A T H   :   T G V F L C T Q A A V K I M M K K K - - R G R I I N I S S V V G L I G N I G Q A N Y A A A K G G V I S F S K T A A R E G A   :   5 9
P 7 8 5 8 4 _ A S P   :   A G S L T L N M L F P P - - - - K T - - V D F M V L F S S C G Q F F G F P G Q A S Y A S G N A F L D A L A T Y R R S Q G V   :   5 5
P 8 7 0 0 1 _ P E N   :   A G A L V L D T V F P P N - - - S P E - L D F F I L F S S C G Q L L G F P G Q A S Y A S G N S F L D A L A R S R R K E G D   :   5 7
S R L D _ E C O L I   :   V G Y F L C A R E F S R L M I R D G - I Q G R I I Q I N S K S G K V G S K H N S G Y S A A K F G G V G L T Q S L A L D L A   :   6 0
                            g                                             6     s s           g     g   a   Y a                                              

Фрагмент полного выравнивания,полученного с помощю ClustalW.
                                                                                                                                                                                                                           
                                        2 8 0                   *               3 0 0                   *               3 2 0                   *               3 4 0                   *               3 6 0              
Y J G I _ E C O L I   :   E A L E L N A D D I D R L F K I N I H A P Y H A S V E A A R Q M P E - - G G R I L I I G S V N G D R M P V A G M A A Y A A S K S A L Q G M A R G L A R D F G P R G I T I N V V Q P G   :     1 7 7
F A B G _ A R A T H   :   L L I R M K Q S Q W D E V I A L N L T G V F L C T Q A A V K I M M K K K R G R I I N I S S V V G - L I G N I G Q A N Y A A A K G G V I S F S K T A A R E G A S R N I N V N V V C P G   :     2 5 7
P 7 8 5 8 4 _ A S P   :   D D T A S G Y G R G E G A A V V I L K N M A E A V K N G D H I L A T L K G T A V A Q D G R T N G I M A P N Q K A Q E L V A R K A L D V A R V D A S T I D Y V E A H A T S T P V G D P   :     3 2 7
P 8 7 0 0 1 _ P E N   :   D D S A N G Y G R G E G A G V V I L K R L E K A L T D G D R V L A V L K G S A V A S D G K T L G I M A P N A Q A Q I L V A Q K A L K E A R V T P D S I S Y I E A H A T S T S L G D P   :     3 6 0
S R L D _ E C O L I   :   F I S D F Q L G D F D R S L Q V N L V G Y F L C A R E F S R L M I R D G I Q G R I I Q I N S K S G K V G S K H N S G Y S A A K F G G V G L T Q S L A L D L A E Y G I T V H S L M L G   :     1 8 5
                                                        6   6                           6                               g                         A   K                                       t       6                    
                                                                                                                                                                                                                           
                                      1 5 4 0                   *             1 5 6 0                   *             1 5 8 0                   *             1 6 0 0                   *             1 6 2 0              
Y J G I _ E C O L I   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :         -
F A B G _ A R A T H   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :         -
P 7 8 5 8 4 _ A S P   :   D L C L P P I R G V V H A A G V L H N E H V L S V T P D S F E R V L A P K I A G S L T L N M L F P P - - K T V D F M V L F S S C G Q F F G F P G Q A S Y A S G N A F L D A L A T Y R   :   1 5 7 2
P 8 7 0 0 1 _ P E N   :   T L N L P P V A G V V H A A G I I H D Q L I G Q I T P D V F D A V L A P K I A G A L V L D T V F P P N S P E L D F F I L F S S C G Q L L G F P G Q A S Y A S G N S F L D A L A R S R   :   1 5 9 5
S R L D _ E C O L I   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :         -
                                                                                                                                                                                                                           
                                                                                                                                                                                                                           
                                            *             1 6 4 0                   *             1 6 6 0                   *             1 6 8 0                   *             1 7 0 0                   *              
Y J G I _ E C O L I   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :         -
F A B G _ A R A T H   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :         -
P 7 8 5 8 4 _ A S P   :   R S Q G V N T I A M Q W T S W R E I G M A A G - S E F V R A E L A T K G I T D I S Q D E A F Q A W M H V S K Y D - V D H A V V L R S R A L E K H E P L P S P L L V D I A I H K V S P   :   1 6 6 0
P 8 7 0 0 1 _ P E N   :   R K E G D N S I S L L W T S W R G M G M G A S S N G A L E A E L Y A R G I T D V T P E E A F R A W S A I S A V E G A D H G V V L R A R P L E S R E P L P H A I L R D I V T R K E R -   :   1 6 8 4
S R L D _ E C O L I   :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -   :         -
                                                                                                                                                                                                                           

Результаты:
  61 - число колонок во фрагменте из SMART, 
  Колонок для набора из 5и последовательностей нет - такие колонки можно найти для набора из 3ех и их 51. 

Из таблицы "Фрагмент полного выравнивания,полученного с помощю ClustalW" был удален кусок последовательности,
из-за большого промежутка между совпадающеми а.о.
Две последовательности "уехали". Видно, что их длинна резко больше, это из-за того, что белки P87001_PEN и P78584_ASP многодоменные.
Для того чтобы хорошо выровнять эти белки, надо было вырезать из них все кроме этого домена и выравнивать.
Между собой эти белки выровнялись хорошо.       
Матрица попарной идентичности 
  YJGI_ECOLI FABG_ARATH P78584_ASPPA P87001_PENPA SRLD_ECOLI
YJGI_ECOLI 100%        
FABG_ARATH 23% 100%      
P78584_ASPPA 1% 1% 100%    
P87001_PENPA 1% 1% 42% 100%  
SRLD_ECOLI 14% 14% 1% 1% 100%
На главную страницу семестра


©Goryanin Ignat 2005