Второй семестр

Сравнение биологических текстов на примере аминокислотных последовательностей

Работа с банками аминокислотных последовательностей, а также производными базами данных о белковых семействах и мотивах в аминокислотных последовательностях. 
Сравнение аминокислотных последовательностей и оценка степени их сходства.
Обсуждение эволюции белков и первое знакомство с филогенетическими деревьями. 

Результаты упражнений

Блок 1: Общие принципы сравнения последовательностей

• Белок FABG_ECOLI в банках Swiss-Prot и TrEMBL
• Работа с системой SRS
• Выравнивание. Работа с программой GeneDoc
• Матрицы замен аминокислотных остатков

Блок 2: Выравнивание последовательностей

• Матрицы переходов глобального и локального выравниваний
• Программы выравнивания
• Работа с программой BLAST

Блок 3:Семейства белков

• Сравнение множественных выравниваний
• Паттерны и банк PROSITE
• Мотивы в белке FABG_ECOLI описанные в БД Prosite
• Белковые семейства. БД Pfam
• Белковые семейства. БД InterPro
• Psi-Blast
• Введение в филогенетические деревья

На главную