Программа поиска сходных последовательностей BLASTP

Поиск белка по его последовательности
a) В выдаче программы BLASTP FABG_ECOLI имеет:
  порядковый номер в выдаче - 1,
  Score(Bits) - 466,
  E-value - 2e-131.
b) Для первой в списке находки:
  PDB-коды - 1Q7B,
  идентификаторы цепей - D,
  Score -  466,
  E-value - 1e-132,
  начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) - 1-244, 
  начало и конец выравнивания в находке (Subject) - 1-244, 
  процент совпадений (Identity) - 244/244 (100%).
  Перовой в списке оказалась находка о цепи FABG_ECOLI.   
Поиск белка по его гомологу
Порядковый номер - 3 ,
Score(Bits)  - 361,
E-value  - 9e-100
начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) - 1-244,
начало и конец выравнивания в находке - (Subject) - 1-244,
процент совпадений (Identity) - 199/244 (81%).
Первой в списке и находится последовательность белка FABG_VIBCH, которую я ввел. 
Поиск белка по фрагментам его последовательности
Порядковый номер - 4,
Score(Bits)   - 29.3,
E-value  - 2.7
начало и конец выравнивания во входной последовательности (Query) - 12-24,
начало и конец выравнивания в находке - (Subject) - 78-90,
процент совпадений (Identity) - 13/13 (100%).
Он не первый в списке из-за Score.
Разные пользовательские интерфейсы BLAST

на сервере EBI: значение Score дано не в Bits и E-value отличается. А.о. последовательность FABG_ECOLI(мой белок) и
FABG_SHIFL  полностью совпадают, здесь это показывается, как разные находки.  
на сервере Пастеровского института: Там предлагают получить результаты по email, значение Score отличается.
А.о. последовательность FABG_ECOLI(мой белок) и  FABG_SHIFL  полностью совпадают,
здесь это показывается, как разные находки, дан AC белка.
 Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?
Число ортологов RBSR_BACSU  в списке первых 20 находок (и во всем)  - 5.(Причем с большим E-value)
По SRS число ортологов RBSR_BACSU - 8
Вывод: BLAST хорошим инструментом для поиска ортологов не является.

На главную страницу семестра