Скопировал в свою директорию файл с матрицей BLOSUM62
Перегруппировал строки и столбцы. Группы раскрасил.
Вычислил средние веса замен(внутри группы - треугольник, а между группами - квадрат).
Внутри группы вес замен положительный. Между группами, вес замен имеет отрицательное значение, из-за того что аминокислоты в разных группах различаются по свойствам.
Один блок. (IPB002347E)
Из базы данных BLOCKS http://blocks.fhcrc.org/ выбрал самый широкий блок:
С помощью программы pairs_count.exe получаем таблицу количеств различных пар аминокислот в блоке.
На основе полученных данных получаем веса аминокислотных замен для трёх аминокислот: Аланин, Лизин, Лейцин.
Двести блоков.
Такая же последовательность действий. Частоты встречаемости аминокислот взял
из таблицы.
Отличия в весах аминокислотных замен:
| Пара | По одному блоку | По двустам блокам | По blosum62 |
| AA | 1 | 2 | 4 |
| AK | 0.5 | 1 | -1 |
| AL | 1 | 0.5 | -1 |
|
На главную страницу семестра |