Построение схемы переходов глобального и локального выравниваний
Создал Excel-книгу matrix.xls. и в ней построил схему переходов глобального выравнивания для следующих 2-х
последовательностей:
- Последовательность первых 4-х остатков вашего белка.
- Последовательность из 5 букв, полученную следующим образом: внесите в последовательность первых 4-х остатков
вашего белка две любые замены и в произвольном месте вставьте дополнительную букву.
Оптимальный путь выделил цветом.
Параметры для построения схемы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за гэп = -2.
Вес пути = 0
Локальное выравнивание
seq1 1 M N 2
| |
seq2 1 M N 2
Вес замен = 4
Субоптимальных путей нет из-за того, что маленькие последовательности.
©Goryanin Ignat 2005
