Создание паттернов для поиска и распознавания аминокислотных последовательностей

                                                                           
                                            *                 2 0          
F A B G _ B U C A I   :   D N L L V N M K S T E W D D V I K T N L   :   2 0
F A B G _ P S E A E   :   D N L L V R M K D D E W F D V V N T N L   :   2 0
F A B G _ H A E I N   :   D N L L M R M K D E E W F D I M Q T N L   :   2 0
F A B G _ E C O L I   :   D N L L M R M K D E E W N D I I E T N L   :   2 0
F A B G _ V I B C H   :   D N L L M R M K E E E W S D I M E T N L   :   2 0
F A B G _ V I B H A   :   D N L L M R M K D D E W N D I I N T N L   :   2 0
                          D N L L 6 r M K     E W   D 6 6   T N L          

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности DNLLMRMKDEEWNDIIETNL  2  1 
Сильный DNLLM[RN]MK[SDE][TDE]EW[DFSN]D[VI][IVM][KNQE]TNL  7  4 
Слабый DNLLM-X-MK-X(2)-EW-X-D-X(3)-TNL  15  4 

Коментарий к таблице

Нашел ортологи своего белка с помощью программы blastp в банке Swiss-Prot. С помощью программы muscle построил множественное выравнивание белка и его "ортологов". Импортировал в GeneDoc. Провел поиск последовательностей банка Swiss-Prot по созданным паттернам. Заполнил таблицу.
На главную страницу семестра

©Goryanin Ignat 2005