Доменная структура белка FABG_ECLOI

Схематичное изображение доменной структуры

Домены, отмеченные на пространственной структуре белка FABG_ECOLI. Структура приведена по PDB:1q7b

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности FABG_ECOLI
PF00106	adh_short	Коротко-цепочечная дегидрогеназа	6-170

Подробное описание домена PF00106

1. Перескажите своими словами, но близко к тексту, описание доменов данного семейства.
   Семейство этих коротко-цепочечных дегидрогеназ/редуктаз(SDR) очень большое, большинство из них известны, как NAD- NADP- зависимые оксиредуктазы. Большинство белков этого семейства из 250-300 а.о. Дегидрогеназы этого семейстсва, как правило, содержат два домена: один - NAD, другой - субстрат. Последний домен определяет специфику субстрата и содержит аминокислоты вовлеченные в катализ. Небольшое сходство последовательностей было найдено в домене связывающимся с коферментом, хотя есть большая степень сходства, и поэтому предложено, что структура дегидрогеназ возникла через генный сплав общей наследственной последовательности нуклеотида кофермента с различным доменами специфического субстрата.

2. Сколько всего известно белков с доменами PF00106?
   8341

3. Опишите, в каких таксонах встречаются белки с такими доменами
   

   Таксон		Количество белков с доменом PF00106.
   Эукариоты	Растения(Viridiplantae)	413
   	Грибы(Fungi)	1068
   	Животные(Metazoa)	1212
   Бактерии(Bacteria)		5326
   Археи(Archaea)		118

   Разница объясняется между общим количеством белков (8341) и суммой по таблице (8137), тем что есть и другие таксоны, число белков с доменом PF00106 которых не нужно было приводить в таблице, например простейшие.

4. • Что бывает чаще: домен PF00106 - единственный домен в белке, или домен PF00106 встречается в белках в сочетании с другими доменами?
     Чаще, этот домен единственный в белке (7464), как и в моем белке.

   • Известны ли случаи дупликации домена PF00106?
     Да известны:
     16 белков с adh_short, adh_short, MaoC_dehydratas architecture.
     15 белков с adh_short, adh_short architecture.
     и др.
     Есть даже 2а(два) белка, где мой домен встречается 4е(четыре) раза (AMP-binding, adh_short, PP-binding, ketoacyl-synt, Ketoacyl-synt_C, Acyl_transf_1, ADH_N, ADH_zinc_N, adh_short, PP-binding, ketoacyl-synt, Ketoacyl-synt_C, Acyl_transf_1, ADH_N, ADH_zinc_N, adh_short, PP-binding, ketoacyl-synt, Ketoacyl-synt_C, Acyl_transf_1, adh_short, PP-binding architecture)

   • Известны ли случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из доменов PF00106?
     Да, например, с доменом NAD_binding_4 он встречается в разных положениях(перед и после)

На главную страницу семестра