Поиск с помощью программы blastp гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt.

Параметры поиска: все по умолчанию, а максимальное количество находок - 1000.

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	% идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	5e-82	LGB1_LUPLU	100%	154
В бактериях (Bacteria)	36	1e-06	HMP_RHIME	29%	117
В Escherichia coli K-12	0	—	—	—	—
В животных (Metazoa)	26	2e-06	NGB_BRARE	25%	141
В человеке (Homo sapiens)	3	5.8	CRNL1_HUMAN	28%	78

Как видно из таблицы гомологов из Escherichia coli не нашлось (далекие по эволюции организмы), а в человеке - 3 находки.

Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
					Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
1	21	+	5	+	—	—	—	—	CRNL1_HUMAN	5.8	28%	78
2	38	+	332	+	HMP_ECOLI	1e-29	20%	148	NGB_HUMAN	2e-19	21%	143
3	38	-	879	+	HMP_ECOLI	6e-28	20%	148	HBG2_HUMAN	8e-45	18%	150
4	38	-	884	+	HMP_ECOLI	2e-22	20%	143	HBE_HUMAN	5e-54	17%	154
5	38	-	884	-	HMP_ECOLI	2e-22	20%	143	HBE_HUMAN	5e-54	17%	154

Ответы на следующие вопросы(соответственно задания).

1. Для поиска гомологов белка из далеких (по эволюционному пути) организмов
2. Она является тем же, что выдает blastp
3. По средствам упражнения 2 можно получить дальние гомологи
4. "Лучшие находки" могли меняться на разных итерациях или менялись только их E-vaule.
   На каждой итерации создается новый профиль, в нем строятся свои выравнивания и из них получаются новые E-value
5. Первая стратегия позволяет находить больше гомологов, но не в столь далеких таксонах (направленна на число гомологов).
   Когда вторая позволяет искать в очень далеких таксонах, но количество найденных гомологов уменьшается (направленна на дальность таксонов).
6. "лучших находках" среди белков человека
   1. HBE_HUMAN: 63 и 92 остатки - гистидины
   2. HBG2_HUMAN: 63 и 92 остатки - гистидины
   3. NGB_HUMAN: 64 и 96 остатки - гистидины
   4. в LGB1_LUPLU: 63 и 97 остатки - гистидины
   5. B "лучшей" находке среди белков кишечной палочки HMP_ECOLI: 85 остаток - гистидин
   Значит именно гистидин отвечает за контакт с гемом (при другом а.о. такая связи реализуется с малой вероятностью)
7. Матрица PSSM содержит инормацию в шестнадцетиричном коде о профиле(он в ASCII) на разных итерациях разная:
   1. PSSM на 1ой итерации
   2. PSSM на 2ой итерации
   3. PSSM на 3ой итерации
   4. PSSM на 4ой итерации
   5. PSSM на 5ой итерации

На главную страницу семестра