Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

Название белка (ID) Название домена Идентификатор Pfam Нахождение в последовательности
YJGI_ECOLI adh_short PF00106 111-165
FABG_ARATH adh_short PF00106 187-245
P78584_ASPPA adh_short PF00106 1523-1577
P87001_PENPA adh_short PF00106 1544-1600
SRLD_ECOLI adh_short PF00106 114-173

                                                                                                                                                             
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0            
Y J G I _ E C O L I   :   Y H A S V E A A R Q M P - - - - E G - - G R I L I I G S V N G D R M P V A G M A A Y A A S K S A L Q G M A R G L A R D F G   :   5 5
F A B G _ A R A T H   :   T G V F L C T Q A A V K I M M K K K - - R G R I I N I S S V V G L I G N I G Q A N Y A A A K G G V I S F S K T A A R E G A   :   5 9
P 7 8 5 8 4 _ A S P   :   A G S L T L N M L F P P - - - - K T - - V D F M V L F S S C G Q F F G F P G Q A S Y A S G N A F L D A L A T Y R R S Q G V   :   5 5
P 8 7 0 0 1 _ P E N   :   A G A L V L D T V F P P N - - - S P E - L D F F I L F S S C G Q L L G F P G Q A S Y A S G N S F L D A L A R S R R K E G D   :   5 7
S R L D _ E C O L I   :   V G Y F L C A R E F S R L M I R D G - I Q G R I I Q I N S K S G K V G S K H N S G Y S A A K F G G V G L T Q S L A L D L A   :   6 0
                            g                                             6     s s           g     g   a   Y a                                              

Дерево построенное по алгоритму UPGMA

рабочая книга UPGMA.xls
Дерево постренное по следующей скобочной структуре ((C:29,D:29):20.5,((A:38.5,B:38.5):4.5,E:43):6.5);
A YJGI_ECOLI
B FABG_ARATH
C P78584_ASPPA
D P87001_PENPA
E SRLD_ECOLI
Итак, получилось два дерева: неукоренненое(звездчатое) и укорененное. По укорененному дереву можно предположтить возможную линию эволюции.
В дереве, построенном по методу UPGMA, от гипотетической общей предковой последовательности произошли последовательности: общий предок (С и D) и общий предок (общего предка (A и B) и E).

Дерево построенное по методу "ближайших соседей"

Дерево постренное по следующей скобочной структуре (((P78584_ASPPA:0.17666,P87001_PENPA:0.15061):0.28341,YJGI_ECOLI:0.36204):0.05290,SRLD_ECOLI:0.36185,FABG_ARATH:0.29917);
В этом методе учитывается различная скорость эволюции.
Из кладограмм видно, что возможный сценарий эволюции у деревьев построенных по методу UPGMA и NJ разная. В случае с деревом, построенном по методу NJ, сценарий эволюции кажется более вероятным.
В дереве, построенном по методу "ближайших соседей", от гипотетической общей предковой последовательности произошли последовательности: B, E и общий предок (общего предка (С и D) и А).
На главную страницу семестра

©Goryanin Ignat 2005