Учебный сайт Дюгая Ильи

Главная

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвёртый семестр

Ссылки

Об авторе

Укоренение в среднюю точку

Для дерева, полученного в предыдущем практикуме с помощью алгоритма Neighbor Joining Using % Identity, я произвёл укоренение в среднюю точку. Использовалась программа retree пакета PHYLIP. Получилось дерево (его изображение можно увидеть на рис. 1), укоренённое в тривиальную ветвь {LACAC} vs {STRP1,STRPN,ENTFA,BACSU,LISMO,STAES}. Это укоренение не соответствует дереву, построенному на основе таксономии бактерий (приведено на странице предыдущего практикума). Соответственно, такое укоренение нельзя считать достоверным.

Рис. 1. Филогенетическое дерево выбранных видов бактерий отдела Firmicutes, построенное методом Neighbor Joining Using % Identity на основе выравнивания факторов элонгации трансляции G бактерий отдела Firmicutes и укорененное в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Изображение получено с помощью программы MEGA 6.