Задание 1.
1a. Вертикальные блоки.
В выравнивании, полученном в предыдущем задании, было выделено 3 вертикальных блока, то есть участки, на которых для каждой колонки можно ожидать гомологию между остатками из всех последовательностей. На изображении ниже представлено данное выравнивание с разметкой блоков, которые отмечены символом B.
Скачать выравнивание [формат MSF]
1b. Блок из части последовательностей.
Скачать выравнивание [формат JVP]
Блоки из части последовательности оозначены символом H.
Задание 2.
2a. Статистика для блока.
Для подсчета числа и процентов абсолютно консервативных позиций и абсолютно функционально консервативных выбран второй по счету блок из задания 1a.
| Число | Процент | |
| Абсолютно консервативные позиции | 4 | 33,33% |
| Абсолютно функционально консервативные позиции | 2 | 16,66% |
| Всего позиций | 12 | - |
2b.Подсчет гэпов на длинном не блоковом участке.
Длинный участок, не принадлежащий блоку отмечен символом X. Всего позиций — 46; позиций с гэпами — 3, что составляет 6,52% от общего количества.
Задание 4-5.
Консенсусная последовательность — обобщенная нуклеотидная или аминокислотная последовательноть, наиболее часто встречающаяся в данном генетическом элементе.[1]
Консенсусная последовательность третьего блока из задания 1a была получена скопирована из JalView — скачать [FASTA].
Logo для того же блока было получено при помощи сервиса http://weblogo.threeplusone.com/.
Паттерн выбранного блока:
E-S-[TV]-K-[AS]-[ASV]-[AES]-[DE]-[ILM]-x(2)-P-V-[DGNS]-G-x-[IV]-x-E-x-N
Задание 6.
Выравнивание с негомологичной последовательностью.
Для данной цели использовался участок последовательности белка эндонуклеазы рестрикции (A0A0J9X157_MYCSJ) и первое выравнивание. В полученном выравнивании, как и ожидалось, много гэпов и не много консервативных колонок: 40% от числа колонок из первого выравнивания.
Задание 7.
Постройте множественное "выравнивание" заведомо негомологичных белков.
Случайным образом из таблицы были выбраны пять белков. C помощью алгоритма MUSCLE было построено их множественное выравнивание. Затем наиболее хорошие блоки были помечены символом B.
Ссылки: