Нуклеотидный BLAST

Задание 1. Определение таксономии и функции последоватлеьности

Для данного задания использовалась последовательность из практикума 6: прямая последовательность, обратная последовательность. Ниже приведены выдачи BLAST по этим последовательностям: по прямой (рис.1) и по обратной (рис.2).

Рисунок 1. По прямой последовательности

Рисунок 2. По обратной последовательности

Видно, что в обоих случаях лидирует один и тот же организм - Pyramicocephalus phocarum. При этом если посмотреть на сами выравнивания (см рис. 3 и рис. 4), видно, что совпадение с прямой последовательностью полное, а с обратной не совпадают только те места, где в приведенной последовательности может стоять любой нуклеотид (там стоит N). То есть вполне вероятно полное совпадение и с обратной цепью. С остальными выравниваниями совпадений меньше. Это позволяет предположить, что Pyramicocephalus phocarum и есть искомый организм.

Задание 2. Сравнение списков находок разными алгоритмами BLAST

Во-первых, надо было как-то ограничить поиск. Для этого я во-первых установила порог E-value (0.001), во-вторых задала таксономию искомых организмов. Изначальный организм - Pyramicocephalus phocarum - относится к семейству Diphyllobothriidae и отряду Diphyllobothriidea. Исключение из поиска только рода с заданным порогом E-value дало 126 находок (поиск по megablast), что много (см рис. 5 - 7 первых и 6 последних находок). Однако все они имели вполне приличное сходство (не меньше 70%), а попытка исключить семейство и искать по отряду привела к нулевой выдаче. Так что мне пришлось смириться с большим числом находок. На рис. 6 и 7 представлены находки по discontiguous megablast (160 находок) и blastn (194).

Рисунок 5. Megablast: 7 первых и 6 последних находок

Ссылка на сохраненный запрос

Рисунок 6. Discontiguous megablast: 7 первых и 6 последних находок

Ссылка на сохраненный запрос

Рисунок 7.Blastn: 7 первых и 6 последних находок

Ссылка на сохраненный запрос

Задание 3. Поиск гомологов

query id	subject id	% identity	alignment length	mismatches	gap opens	q. start	q. end	s. start	s. end	evalue	bit score
sp\|O13339.1\|TERT_SCHPO	scaffold-17	25.05	491	305	16	320	780	610900	612273	1e-23	108
sp\|O13339.1\|TERT_SCHPO	unplaced-307	26.84	503	282	17	320	780	14863	16239	7e-22	102

Таблица 1. TERT_SCHPO

query id	subject id	% identity	alignment length	mismatches	gap opens	q. start	q. end	s. start	s. end	evalue	bit score
sp\|P68431\|H31_HUMAN	scaffold-126	92.65	136	9	1	1	136	85096	84692	2e-74	244
sp\|P68431\|H31_HUMAN	scaffold-126	91.89	37	2	1	1	37	92261	92368	1e-10	58.9
sp\|P68431\|H31_HUMAN	scaffold-104	92.65	136	9	1	1	136	185496	185900	2e-74	244
sp\|P68431\|H31_HUMAN	scaffold-104	92.65	136	9	1	1	136	178362	177958	2e-74	244
sp\|P68431\|H31_HUMAN	unplaced-984	92.86	98	7	0	39	136	2	295	8e-60	183
sp\|P68431\|H31_HUMAN	scaffold-153	92.13	89	7	0	48	136	573	307	1e-50	162
sp\|P68431\|H31_HUMAN	scaffold-70	92.11	38	2	1	1	38	525	635	3e-12	60.5
sp\|P68431\|H31_HUMAN	unplaced-368	91.89	37	2	1	1	37	790	897	3e-11	58.9

Таблица 2. H31_HUMAN

query id	subject id	% identity	alignment length	mismatches	gap opens	q. start	q. end	s. start	s. end	evalue	bit score
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	unplaced-665	81.56	450	61	1	1	428	7236	5887	0.0	742
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	scaffold-26	86.79	386	51	0	43	428	109811	108654	0.0	693
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	scaffold-26	66.67	51	17	0	1	51	110007	109855	4e-13	71.6
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	unplaced-5	39.91	441	252	3	1	431	3257	4570	1e-105	348
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	scaffold-57	40.14	441	251	3	1	431	88586	87273	1e-105	348
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	scaffold-423	28.79	389	236	8	80	428	190311	191474	6e-49	161
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	scaffold-423	27.50	80	40	1	9	70	189959	190198	6e-49	45.4
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	scaffold-423	76.92	13	3	0	2	14	189873	189911	6e-49	26.6
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	scaffold-423	27.34	384	237	8	80	422	1101339	1100191	2e-46	150
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	scaffold-423	33.33	63	34	1	16	70	1101622	1101434	2e-46	47.4
sp\|P05220.2\|TBB_NEUCR	scaffold-423	76.92	13	3	0	2	14	1101728	1101690	2e-46	26.9

Таблица 3. TBB_NEUCR

TERT_SCHPO
TBB_NEUCR
HIS31_HUMAN

Задание 4. Поиск гена в одном из скафолдов

Поиск производился с ограничением по таксону Eukariota с пороговым значением E-value 0.001 в скэфолде 514 (длина - 59281 п. н.). Лучшая находка - Actinin-type, actin-binding domain-containing protein [Rozella allomycis CSF55]: E-value=0, 393/623(63%) совпадений, 478/623(76%) положительных замен.

НАЗАД ➜