Пакет PHYLIP - некоторые программы.

Построение дерева: fprotdist и fneighbor

Сначала была получена матрица расстояний для выбранных бактерий (см практикум 1) с помощью программы fprotdist: | fprotdist align1.fasta Protein distance algorithm Phylip distance matrix output file [align1.fprotdist]: Computing distances: RHOS4 BURCA . RALSO .. NEIMA ... PSEAE .... ENT38 ..... ECOLI ...... SALTY ....... Output written to file "align1.fprotdist" Done. Затем по полученной матрице было построено дерево с помощью программы fneighbor: | fneighbor align1.fprotdist Phylogenies from distance matrix by N-J or UPGMA method Phylip neighbor program output file [align1.fneighbor]: Cycle 5: species 2 ( 0.09834) joins species 3 ( 0.07468) Cycle 4: node 2 ( 0.12868) joins species 4 ( 0.24324) Cycle 3: species 1 ( 0.43647) joins node 2 ( 0.08764) Cycle 2: node 1 ( 0.11369) joins species 5 ( 0.13917) Cycle 1: species 6 ( 0.01762) joins species 7 ( 0.00709) last cycle: node 1 ( 0.18422) joins node 6 ( 0.00899) joins species 8 ( 0.00738) Output written on file "align1.fneighbor" Tree written on file "align1.treefile" Done. Выдачи программ: align1.fprotdist, align1.fneighbor, align1.treefile
	Рис. 1. MEGA	Рис. 2. PHYLIP

На рис. 1 и 2 можно видеть деревья, построенные методом Neighbor-Joining либо в MEGA, либо в пакете PHYLIP (на рис. 2 приведено нарисованное в MEGA дерево по скобочной формуле, выданной программой fneighbor). Видно, что построенное с помощью PHYLIP дерево является неукорененным. MEGA предполагает в этом методе коренение в середину наибольшего расстояния, чего, видимо, не делает PHYLIP, попросту оставляя неразрешенное дерево. В остальном же топология деревьев полностью совпадает.

Визуализация дерева: fdrawgram

Программа на вход требует файл формата .tree и по умолчанию выводит дерево на экран. Т. к. PuTTY эту функцию не поддерживает, необходимо воспользоваться условием -previewer:

   -previewer          menu       [x] Previewing device (Values: n (Will not
                                  be previewed); I i (MSDOS graphics screen
                                  m:Macintosh screens); x (X Windows display);
                                  w (MS Windows display); k (TeKtronix 4010
                                  graphics terminal); d (DEC ReGIS graphics
                                  (VT240 terminal)); o (Other (one you have
                                  inserted code for)))

Как гласит описание программы (страница emboss), она может писать выходной файл в разных форматах и разными способами, однако самый простой и универсальный - формат PostScript - .ps(собственно, первая строка файла об этом и гвоорит: PS-Adobe-2.0). Варьируя остальные параметры (см. -help) можно получать нужное именно вам по стилю и т. д. дерево.

Итого последовательность необходимых действий:

 
| fdrawgram -previewer n                                    # задаете отсутствие предварительного просмотра
Plots a cladogram- or phenogram-like rooted tree diagram
Phylip tree file: align1.tree                               # указываете входной файл в формате .tree
Phylip drawgram output file [align1.fdrawgram]: align1.ps   # указываете выходной файл в формате .ps
| ps2pdf align1.ps                                          # конвертируете в pdf

Программа fdrawtree работает почти так же, но не требует отмены предварительного просмотра и выводит неукорененное дерево.

 
| fdrawtree
Plots a cladogram- or phenogram-like rooted tree diagram
Phylip tree file: align1.tree                               # указываете входной файл в формате .tree
Phylip drawgram output file [align1.fdrawgram]: align1.ps   # указываете выходной файл в формате .ps
| ps2pdf align1.ps                                          # конвертируете в pdf

Ниже представлены примеры работы этих программ:

Рис. 3. fdrawgram	Рис. 4. fdrawtree