4. Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги.

Задание 1. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям.

Последовательности 16S рРНК были взяты с сайта NCBI из файлов с расширением .frn
В наличии были последовательности не всех бактерий, поэтому в нескольких случаях пришлось взять родственные виды или другие штаммы того же вида:
  • Vibrio fischeri str. ES114 (VIBF1)
  • Agrobacterium fabrum str. C58 (AGRFC)
  • Rhodobacter sphaeroides KD131 (RHOSK)
    • Последовательности были сохранены в файл 16SrRNA_all.fasta
    Выравнивание было получено при помощи Muscle.
    В программе MEGA методом Maximum Likelihood было получено дерево.
    Рис1. Слева: дерево, полученное программой MEGA. Справа: "правильное" дерево, полученное из таксономии.
    Эти два дерева отличаются по топологии: VIBF1 и PASMD поменялись местами.

    Задание 2. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги.

    Для получения гомологов белка из кишечной палочки был проведен белковый BLAST по протеомам бактерий.
  • makeblastdb -in bact.fasta -dbtype prot -out db.fasta - создаем базу данных на основе протеомов
  • blastp -query clpx.fasta -evalue 0.001 -db db.fasta -out res.txt - проводим белковый BLAST с пороговым Е-value 0.001, результаты записываются в файл res.txt

    • Рис2. Результаты BLAST'а Дерево было построено в программе MEGA методом Maximum Likelihood.
    Рис3. Дерево гомологов. Травяным, оранжевым и бирюзовым цветами подчеркнуты паралоги организмов PROMH, ENT38 и SALTY соответственно. Золотистым цветом обозначено видообразование. Сизым цветом показаны две группы ортологов.

    Назад к странице четвертого семестра.

    © Aleksei Efremov, 2016