Укоренение в среднюю точку

При помощи пакета PHYLIP был получен файл, который дальше использовался программой MEGA. В итоге было получено изображение укорененного дерева, которое сравнивалось с правильным деревом:


Укоренение произошло в нетривиальной ветви {CLOTE, CLOBM} vs {GEOKA, BACAN, STAAU, LACLM, STRP1, STRPN}, что совпадает с таковым в правильном дереве, поэтому в данном случае пакет PHYLIP хорошо справился со своей задачей.

Задания 2-3 (использование аутгруппы; бутстрэп)

{Ссылка на выравнивание белков отобранных бактерий и E.coli в формате fasta}

Задание 4