Hа Главную
Первый Семестр
Kodomo Home

  1. Определение торсионных углов φ, ψ и ω тридцатого аминокислотного остатка - PHE (фенилаланил)

    2. Название двугранного угла

    		 Угол определяется по координатами атомов (обращение к атому в сооответствие с синтаксисом RasMol, в скобках - название атома) Данный угол описывает поворот вокруг связи Результаты измерения с помощью RasMol
    φ
    1. THR29:A.C(карбонильный атом углерода 29-го остатка цепи A)
    2. PHE30:A.N (атом азота 30-го остатка цепи A)
    3. PHE30:A.CA (α-атом углерода 30-го остатка цепи A)
    4. PHE30:A.C (карбонильный атом углерода 30-го остатка цепи A)
    		 N30 - Сα30 -68.65o
    ψ
    1. PHE30:A.N (атом азота 30-го остатка цепи A)
    2. PHE30:A.CA (α-атом углерода 30-го остатка цепи A)
    3. PHE30:A.C (карбонильный атом углерода 30-го остатка цепи A)
    4. VAL31:A.N (атом азота 31-го остатка цепи A)
    		 Сα30 - C30 148.33o
    ω
    1. PHE30:A.СА (α-атом углерода 30-го остатка цепи A)
    2. PHE30:A.C (карбонильный атом углерода 30-го остатка цепи A)
    3. VAL31:A.N (атом азота 31-го остатка цепи A)
    4. VAL31:A.CA (α-атом углерода 31-го остатка цепи A)
    		 С30 - N31 175.90o

  2. Иллюстрация к определению угла ψ


    На данном изображении мы видим, что торсионный угол ψ представляет линейный угол, лучами которого являются проекции связей между следующими атомами:N30-Cα30 и С30-N31 на плоскость, перпендикулярную связи Сα30-С30, область определения значения двугранного угла от -180 до 180, значение угла положительно, т.к. от атома N30 к N31 идем по часовой стрелке.

  3. Карты Рамачандрана


    Карты Рамчандрана позволяют определить вторичную структуру белка, установить какие торсионные углы характерны для α-спиралей и β-листов, для различных а.о. остатков
    1. Для всего белка характерно, что угол ψ принадлежит дапазону (-50;20)U(110;160), а угол φ диапазону (-140;50)
    2. Несмотря на то что количество остатков пролина не велико, можно говорить о том что характерные углы φ находятся в дипазоне (-75;-55)
    3. Значения торсионных углов глицина очень сильно разбросаны, но можно отметить что значения угла ψ близкие к ±180o не редкость
    4. Количество α-спиралей в 2 а то и в 3 раза больше количесва β-листов, но почти все они сконцентрированы в области со значениями угла ψ принадлежащими диапазону (-60; 0), и значениями угла φ принадлежащими диапазону (-100; -40)
    5. β-листы же, напротив, практически все находяся в области со значениями угла ψ принадлежащими диапазону (110; 165), и значениями угла φ принадлежащими диапазону (-150; -60)
    Подводя итог можно сказать что угол ψ в 90% не принимал значения ниже -80, а угол φ практически всегда был отрицательным

Скачать Exel расчеты можно тут
© Кузнецов Виктор Петрович