Hа Главную
Четвертый Семестр
Kodomo Home

Gene Ontology

  1. Знакомство с терминологией GO

    Описание функции белка IDI2_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

      Онтология GO Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
    Компонент Сomponent 1 Цитоплазма
    Функция Function 5
    1. Каталитическая активность
    2. FMN связывание
    3. Активность изомеразы
    4. Активность оксиредуктазы
    5. Активность изопентил-дифосфат дельта-изомеразы
    Процесс Process 3
    1. Метаболический процесс
    2. Изопреноидный процесс биосинтеза
    3. Окислительно-восстановительный процесс

  2. Описание 3 терминов GO, ассоциированных с белком

    Описание терминов GO

    GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
    GO:0016853 Иная изомеразная активность GO:0003824: каталититическая активность (связь "is a") Связь "is a":
    1. GO:0016859: цис-транс изомеразная активность
    2. GO:0016860: внутримолекулярная оксиредуктазная активность
    3. GO:0016866: внутримолекулярная трансферазная активность
    GO:0008299
    1. Полиизопреноид анаболизма
    2. Полиизопреноид биосинтеза
    3. Полиизопреноид биосинтетических процессов
    4. Полиизопреноид образования
    5. Полиизопреноид синтеза
    6. Политерпен биосинтеза
    7. Политерпен биосинтетических процессов
    		 GO:0008610: процесс биосинтеза липидов (связь "is a") Связь "is a":
    1. GO:0016091: процесс биосинтеза пренола
    2. GO:0046246: процесс биосинтеза терпена
    3. GO:0016114: процесс биосинтеза терпеноида
    GO:0005737 Нету GO:0044424: внутриклеточные составляющие (связь "is a") Связь "is a":
    1. GO:0045495: полиплазма
    2. GO:0016528: саркоплазма

    Связь "part of":
    GO:0044444: составляющая цитоплазмы

    GO:0016853: ↑


    GO:0008299: ↑


    GO:0005737: ↑


  3. Определиние числа реальных и гипотетических белков пшеницы.

    Русское название: Пшеница
    Латниское название: Triticum L.
    Английское название: Wheat
    Taxonomy ID: 45645
    Ранг: вид

    Соотношение между реальными и гипотетическими белками из рода Triticum (по данным UniProt)

      Количество в UniProt Количество в UniRef100
    Существование белка доказано экспериментально 192 336
    Известны только соответствующие транскрипты 2661 2612
    Гипотетический белок, предсказан по гомологии 641 697
    Иные предсказанные гипотетические белки 3290 2788

  4. Использование GO для работы с массовыми данными
    Мною была выбрана бактерия Acidaminococcus fermentans DSM 20731
    В ее протеоме описано 2026 белков
    Термины GO составляют 64% (932 белка)



    Чаще всего встречается словарь Molecular Function (54%)

    Самые часто встречающиеся термины GO:
    Таблица Excel

  5. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией
    Функция: трансляция. Выбран GO:0006412 (Клеточный метаболический процесс, в котором белок формируется с помощью последовательности молекулы мРНК.), принадлежащий к словарю Biological Process.
    SRS запрос: ([uniprot-NCBI_TaxId:4565*] & [uniprot-AllText:GO:0006412*]). Данный запрос выдал 91 результат.
    Fasta файл с найденными последовательностями.
© Кузнецов Виктор Петрович