Эволюционная модель.
Моделирование эволюциигена trpC из Escherichia coli по заданной скобочной структуре дерева.
Пограмы с которыми я работал, выполня это задание:distmat, msbar, emma, ednadist, ednaml
Сначала была получена последовательность гена trpC из документа EMBL V00366.
Далее взята правильная скобочная структура дерева:
((A:50,B:50):50, ((C:50,D:50):5,(E:50,F:50):5):45)
Расчет числа мутаций на полную последовательность:
Длина последовательности trpC – 1359 нуклеотидных пар.
В скобочной структуре даны расстояния в виде числа мутаций на 100 нуклеотидных пар.
Стало быть, чтобы вычислить, сколко мутаций необходимо сделатьь в полной последовательности, необходимо число мутаций на 100 нуклеотидов умножить на 1359\100. Скобочная структура принимает вид:
((A:680,B:680):680, ((C:680,D:680):68,(E:680,F:680):68):612)
Графическая структура дерева:
Скрипт UNIX для получения мутантных последовательностей при помощи программы msbar:
msbar trpC.gene trpc2.gene -point 4 -count 680 -auto
msbar trpC.gene trpc3.gene -point 4 -count 612 -auto
msbar trpc2.gene trpca.gene -point 4 -count 680 -auto
msbar trpc2.gene trpcb.gene -point 4 -count 680 -auto
msbar trpc3.gene trpc4.gene -point 4 -count 68 -auto
msbar trpc3.gene trpc5.gene -point 4 -count 68 -auto
msbar trpc4.gene trpcc.gene -point 4 -count 680 -auto
msbar trpc4.gene trpcd.gene -point 4 -count 680 -auto
msbar trpc5.gene trpce.gene -point 4 -count 680 -auto
msbar trpc5.gene trpcf.gene -point 4 -count 680 -auto
Сравнение методов реконструкции деревьев.
Определение эволюционного расстояния между нуклеотидными последовательностями.