Влияние параметров на глобальное выравнивание

В этой части с помощью программы needle было построено несколько глобальных выравниваний. Опишем здесь два из них, различающихся сильнее всего.

Первое имеет такие параметры:

Матрица замен: EBLOSUM62
Штраф за открытие делеции = 10
Штраф за продолжение делеции = 1


 

TRPC_ECOLI         1 MQTVLAKIVADKAIWVEARKQQQPLASFQNEVQPSTRHFYDALQGARTAF     50
                          ||||||||||  ..|..:.|||                       
seq3               1      AKIVADKAIW--GIKDARLLAS                            20

TRPC_ECOLI        51 ILECKKASPSKGVIRDDFDPARIAAIYKHYASAISVLTDEKYFQGSFNFL    100
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       101 PIVSQIAPQPILCKDFIIDPYQIYLARYYQADACLLMLSVLDDDQYRQLA    150
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       151 AVAHSLEMGVLTEVSNEEEQERAIALGAKVVGINNRDLRDLSIDLNRTRE    200
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       201 LAPKLGHNVTVISESGINTYAQVRELSHFANGFLIGSALMAHDDLHAAVR    250
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       251 RVLLGENKVCGLTRGQDAKAAYDAGAIYGGLIFVATSPRCVNVEQAQEVM    300
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       301 AAAPLQYVGVFRNHDIADVVDKAKVLSLAAVQLHGNEEQLYIDTLREALP    350
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       351 AHVAIWKALSVGETLPAREFQHVDKYVLDNGQGGSGQRFDWSLLNGQSLG    400
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       401 NVLLAGGLGADNCVEAAQTGCAGLDFNSAVESQPGIKDARLLASVFQTLR    450
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       451 AY    452
                       
seq3              21        20
Второе имеет такие параметры:

Матрица замен: EBLOSUM80
Штраф за открытие делеции = 1
Штраф за продолжение делеции = 1


 

TRPC_ECOLI         1 MQTVLAKIVADKAIW-V-EARKQQQPL-ASFQNEVQPSTRHFYDALQGAR     47
                          |||||||||| : :||     | ||                    
seq3               1      AKIVADKAIWGIKDAR-----LLAS                         20

TRPC_ECOLI        48 TAFILECKKASPSKGVIRDDFDPARIAAIYKHYASAISVLTDEKYFQGSF     97
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI        98 NFLPIVSQIAPQPILCKDFIIDPYQIYLARYYQADACLLMLSVLDDDQYR    147
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       148 QLAAVAHSLEMGVLTEVSNEEEQERAIALGAKVVGINNRDLRDLSIDLNR    197
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       198 TRELAPKLGHNVTVISESGINTYAQVRELSHFANGFLIGSALMAHDDLHA    247
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       248 AVRRVLLGENKVCGLTRGQDAKAAYDAGAIYGGLIFVATSPRCVNVEQAQ    297
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       298 EVMAAAPLQYVGVFRNHDIADVVDKAKVLSLAAVQLHGNEEQLYIDTLRE    347
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       348 ALPAHVAIWKALSVGETLPAREFQHVDKYVLDNGQGGSGQRFDWSLLNGQ    397
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       398 SLGNVLLAGGLGADNCVEAAQTGCAGLDFNSAVESQPGIKDARLLASVFQ    447
                                                                       
seq3              21                                                        20

TRPC_ECOLI       448 TLRAY    452
                          
seq3              21           20

Различия между двумя выравнивании заключаются в том, что в первом случае открывается только одна делация, а во втором 4. Это выэвано тем, что в перво случае штраф за открытие делеции равен 10, а во втором 1.

Назад...