При выполнении данной работы я научился пользоваться и работать с такими программами из пакета EMBOSS: needle, water, metcher.
Данную работу можно разбить на 3 части:
Часть №1: Матрица переходов
Локальная матрица переходов строилась для последоательностей:1).QTVIAKIVA
2).TVIVA
Глобальная матрица переходов строилась для последоательностей:
1).DKAIW
2).KAI
Для постраения матриц переходов, глобальной и локльной, использовались следующие параметры:
Вес совпадения = 2
Вес замены = -1
Штраф за делецию = -2
 |
 | |
| Глобальное выравнивание | Локальное выравнивание | |
| DKIWE -KAI-- |
2TV3 1TV2 | 7IVA9 3IVA5 |
| Вес: 2 | Вес субоптимального: 4 | Все оптимального: 6 |