Анализ результатов поиска по профилю

Выбор структуры

Взята структура 1WPV, исследуемая в первом семестре. Данная структура удовлетворяет необходимым требованиям: сервис EDS знает ее PDB-код и у данного белка имеются структурные гомологи с RMSD от 0,8 до 2,5 ангстрем и N_align от половины числа аминокислотных остатков входного белка до 90%.

Разрешение структуры: 1,7 ангстрем.

В скачанном с PDB файле структурных факторов находятся значения, полученные в ходе эксперимента с помощью многократного изменения положения детектора. Число приведенных для 1WPV значений почти на два порядка превышает количество атомов в соответствующей PDB структуре.

Получение изображения электронной плотности

Структура 1WPV и файл с электронной плотностью были загружены в PyMol c помощью комнады load. Белок изображен как sticks and balls. Для визуализации электронной плотности использована команда isomesh. В качестве уровня для построения поверхности использовались значения: 1,5; 2,0; 2,5. Дополнительно использовался параметр carve=1,4 - расстояние вокруг атома выборки, на котором будет рассматриваться плотность.

Ниже представлена электронная плотность вокруг полипептидной цепи А.

Рис. 1. Уровень 1,5.

Рис. 2. Уровень 2,0.

Рис. 3. Уровень 2,5.

При рассмотрении полученных выше и далее картин распределения электронной плотности при разных значениях уровня видно, что при увеличении значения, показываются более электронноплотные участки. Далее представлена электронная плотность вокруг 2-20 остатков полипептидной цепи А.

Рис. 4. Уровень 1,5.

Рис. 5. Уровень 2,0.

Рис. 6. Уровень 2,5.

Ниже представлена электронная плотность вокруг 35-38 остатков полипептидной цепи А.

Рис. 7. Уровень 1,5.

Рис. 8. Уровень 2,0.

Рис. 9. Уровень 2,5.

При рассмотрении нескольких остатков хорошо видно, что координаты их атомов соответствуют максимальным значениям электронной плотности, и структура точно окружается изображенными поверхностями. Таким образом, представленная в PDB модель белка соответствует полученной в ходе рентгенновского эксперимента информации о распределении электронной плотности.