Протеомы
Таблица в Exsel:
Сравнение протеома моей бактерии Aquifex aeolicus (штамм VF5) со всеми любимой Escherichia coli (штамм K12)
| Обозначение аминокислоты | Частота y E. coli, % | Частота у A. aeolicus, % | Разность процентов |
| L | 10,580 | 10,673 | -0,09 |
| E | 5,763 | 9,647 | 3,88 |
| K | 4,406 | 9,441 | 5,04 |
| V | 7,073 | 7,912 | 0,84 |
| I | 6,010 | 7,328 | 1,32 |
| G | 7,375 | 6,730 | -0,64 |
| A | 9,515 | 5,876 | -3,64 |
| F | 3,890 | 5,154 | 1,26 |
| R | 5,511 | 4,917 | -0,59 |
| S | 5,802 | 4,807 | -0,99 |
| D | 5,151 | 4,320 | -0,83 |
| T | 5,399 | 4,213 | -1,19 |
| Y | 2,845 | 4,144 | 1,30 |
| D | 4,425 | 4,062 | -0,36 |
| N | 3,945 | 3,614 | -0,33 |
| Q | 4,440 | 2,049 | -2,39 |
| M | 2,819 | 1,928 | -0,89 |
| H | 2,266 | 1,546 | -0,72 |
| W | 1,531 | 0,938 | -0,59 |
| C | 1,158 | 0,793 | -0,36 |
| U | 0,00040901 | 0,00022122 | 0,000187785 |
Комментарии:
- Escherichia coli имеет одну кольцевую хромосому, а Aquifex aeolicus также содержит плазмиду ece1.
- Самый частый остакток у обоих бактерий - лейцин
- Другие 2 самых частых остатка не совпадают (аланин и глицин у Escherichia coli и глутаминовая кислота и лизин у Aquifex aeolicus
- 3 самых редких остатка, встречающиеся у обоих бактерий - селеноцистеин, цистеин и триптофан
- Самая большая разница по абсолютной величине у лизина (округленно 5,04 %, что несколько отличается от других остатков)
© Борисов Евгений 2016