На данной картинке можно увидеть тимин, входящий в состав нуклеотида из В-формы ДНК. Красным цветом отмечены атомы, которые обращены в сторону большой бороздки, а синим цветом - в сторону малой бороздки.
В сторону большой бороздки обращены атомы C6, C7, C5, C4, O7
В сторону малой бороздки обращены атомы N3, O2
Остальные атомы N1, C2
В А-форме все аналогично. В Z-форме ДНК имеет лишь одну малую бороздку, следовательно говорить об обращении
Таблица сравнения основных спиральных параметров разных форм ДНК
| Форма ДНК | А-форма | В-форма | Z-форма |
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (А) | 28,03 | 33,75 | 43,50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 7,98 (С28) | 17,21 (А30) | 7,2 (G5) |
| Ширина малой бороздки | 16,97 (А6) | 11,86 (С16) | 18,59 (С14) |
Измерение торсионных углов в А- и В- формах на примере тимина в градусах
| α | β | γ | δ | ε | ξ | χ | |
| А-форма (из презентации) | 62 | 173 | 52 | 88 | 178 | -50 | -160 |
| А-форма (из JMOL) | -51,7 | -174,8 | 41,7 | 79,1 | -147,8 | -71,1 | -157,2 |
| В-форма (из презентации) | 63 | 171 | 54 | 123 | 155 | -90 | -117 |
| В-форма (из JMOL) | -29,9 | 136,3 | 31,2 | 143,3 | -140,8 | -160,5 | -98,0 |
С помощью программ find_pair и analyze, был получен ряд файлов с описанием различных структурных параметров интересующих нас нуклеиновых кислот.
Exsel-таблицы с результатами и средними значениями торсионных углов
В данной таблице представлены округленные средние значения для торсионных углов
| α | β | γ | δ | ε | ξ | χ | |
| А-форма | -51,7 | 174,8 | 41,7 | 79,1 | -147,8 | -75,1 | 157,2 |
| B-форма | -29,9 | 136,3 | 31,1 | 143,3 | -140,8 | -160,5 | -98,0 |
| Z-фoрма | -54,4 | 21,1 | -61,5 | 116,3 | -100,4 | 42,8 | -47,8 |
| тРНК (2dlc) | -55,9 | 69,4 | 49,6 | 88,6 | -135,2 | -66 | -159,7 |
| ДНК+белок (1hdd) | -47,3 | 40 | 34 | 135,7 | -76,2 | -93,2 | -108,3 |
Торсионные углы в А- и В-формах различаются, но в целом более менее схожи. В случае сравнения Z-формы с формами А и В наблюдаются значительные отличия.
Заданная структура тРНК наиболее схожа с А-формой.
Анализ файла XXXX.out позволил выявить в структуре тРНК(2dlc) следующие стебли (пронумерваны для удобства)^
Всего данная тРНК содержит 3 неканонические пары оснований: U-G, A-G, A-A
В её структуре также присутствует множество дополнительных водородных связей, стабилизирующих третичную структуру.
Стекинг-взаимодействия сильнее проявляются в парах с максимальным перекрыванием друг друга
Найдем пару оснований с наибольшим перекрыванием (оцененным как 14,01) и получим её изображение с помощью команд ex_str (вырезает нужный модуль и сохраняет его в отдельном файле) и stack2img -cdolt (строит изображение в формате ХХХ.ps)
Аналогичным образом создадим картинку для пары с наименьшим перекрыванием.
Наибольшее перекрывание
Наименьшее перекрывание
© Борисов Евгений 2015