Описание области контакта белка и лиганда UCD в структуре 2D8L

Лиганды в структуре 2D8L

Структура 2D8L содержит единственный лиганд UCD. На рис.1 показано положение этого лиганда в белке 2D8L.

Рис.1. Изображение структуры 2D8L. Цепь А данного белка окрашена в серый цвет. Молекулы лиганда выделены красным цветом.

Вычисление размеров белка и лиганда UCD проводилось с помощью программы JMol(рис.2 и рис.3). Белок обладает примерно сферической формой, поэтому для вычисления ого размеров достаточно знать его приблизительный радиус. Результаты вычисления представлены в таб.1.

Таб.1.Размеры белка и лиганда

Рис.1.Максимальные размеры белка 2D8L	Рис.3. Максимальный размер лиганда UCD

Анализ области контакта белка из структуры PDB 2D8L и лиганда UCD

Этот раздел содержит информацию о взаимодействии белка 2D8L с единственным лигандом UCD. Расположение лиганда представлено на рис.1 предыдущего раздела.

Взаимодействие лиганда с белком осуществляется с помощью водородных связей. UCD образует водордные связи с шестью аминокислотными остатками: His40, Tyr41, His42, Ser334, Lys133, Tyr136. На рис.4 показаны остатки белка, контактирующие с лигандом, указана длина водородных связей.

Рис.4. Изображение элементов вторичной структуры белка 2D8L, включающих контактирующие с лигандом UCD аминокислотные остатки. Атомы аминокислот окрашены в стандартные цвета. Атомы углерода лиганда окрашены в голубой цвет, атомы кислорода - в розовый, атом азота - в фиолетовый. Водородные связи показаны пунктиром.

На рис.5 изображена химическая формула лиганда и схематично показаны водородные связи, которые возникают между лигандом и его окружением.

Рис.5.Схематическое изображение водородных связей между лигандом и его окружением. Водородные связи показаны пунктиром, расстояния этих связей указаны в ангстремах.

Рис.1 и рис.4 можно получить с помощью следующего скрипта: script.txt.