Семестр 1

• Общая информация о белке URH
• Информация о бактерии Geodermatophilus obscurus
• Внутримолекулярные взаимодействия в структуре 2D8L
• Описание области контакта белка и лиганда UCD в структуре 2D8L

Семестр 2

• Описание программ
• UniProt
• SRS
• PubMed. Информация о белке RhoA
• Парные выравнивания белков. Применение алгоритмов парных выравниваний к белку URHG2_BACSU.
• BLAST
• Множественное выравнивание
• Паттерны и банк PROSITE
• Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro.
• Частичное множественное выравнивание: MEME и MAST
• PSI-BLAST

Семестр 3

• Химическое строение нуклеиновых кислот
• А- и В-формы ДНК. Структура РНК
• Комплексы ДНК-белок
• Нуклеотидные банки данных
• Онлайн BLAST
• Standalone BLAST
• EMBOSS
• Геномные браузеры

Семестр 4

• Филогенетические деревья
• Реконструкция филогенетических деревьев
• Алгоритмы реконструкции деревьев. Укоренение и бутстреп
• Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья. содержащие паралоги.
• Классификация ферментов (EC)
• Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)
• Функциональная роль гена в подсистеме
• Особенности мембранных белков
• Эволюционные домены
• Профили

Семестр 7

• Построение и визуализация электронной плотности
• Восстановление кристалла из PDB файла
• Восстановление электронной плотности
• Изучение файла структурных факторов
• Отчёт по качеству РСА расшифровки структуры 2D8L
• Сравнение трех водородных связей в структурах белка, расшифрованных с помощью ЯМР и РСА
• Анализ трехмерных структур