Эволюционные домены.

Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro

Описание доменной архитектуры белка URHG2_BACSU в соответствии с банком Pfam.

Pfam - это банк, содержащий полные множественные выравнивания консервативных белковых доменов. Банк позволяет получить выравнивания определенных семейств белков, найти семейство по ключевому слову или по участку последовательности.

В приведенной ниже таблице представлена информация о доменной структуре белка URHG2_BACSU по данным Pfam.

Схема из Pfam:

Пояснения к схеме

№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка URHG2_BACSU	Клан
1	PF07470	Glyco_hydro_88	Семейство гликозил-гидролаз 88 (Glycoside hydrolase family 88). Это семейство относится к гликозил-гидролазам, которые катализируют гидролиз гликозидных связей в молекулах углеводов, приводя к появлению двух более мелких молекул углеводов.	16 - 368	Клан 6_Hairpin (CL0059), содержит 28 семейств, у шести неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF).

Данные о единственном домене белка URHG2_BACSU:

Домен входит в 26 архитектур.
Известно 2447 последовательностей белков, содержащих данный домен.
Пространственная структура определена для 7 белков, содержащих данный домен.
Файл, содержащий выравнивание фрагментов белков, соответствующих домену:PF07470_seed.txt

Выбор доменной архитектуры, в которой присутствует два или более разных домена. Описание частоты встречаемости доменов в организмах.

На представленном ниже рисунке изображена архитектура, состоящая из двух доменов: Alginate_lyase (PF08787) и Glyco_hydro_88 (PF07470).

Представленность домена PF07470 в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом PF07470.
Эукариоты	Зеленые растения	8
	Грибы	255
	Животные	0
	Остальные эукариоты	13
Археи		13
Бактерии		2153
Вирусы		0

Представленность домена PF08787 в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом PF08787.
Эукариоты	Зеленые растения	2
	Грибы	86
	Животные	0
	Остальные эукариоты	9
Археи		2
Бактерии		874
Вирусы		0

Таким образом, распространенность обоих доменов довольно низкая. Они не встречаются ни в животных, ни в вирусах. Однако заметно, что первый домен более распространенный, чем второй.

Сравнение описания мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro.

На приведенной ниже картинке представлена разметка мотивов белка URHG2_BACSU:

Самым коротким мотивом является 0Glycosyl hydrolase, family 88. Информация о нем содержится в банке Pfam.
Самым длинным мотивом является Six-hairpin glycosidase. Информация о нем представлена в банке SUPERFAMILY.
В InterPro интегрированы следующие структурные подписи (см. рис. ниже): 1.50.10.10, 1nc5, а.102.1.6.

Границы структурных доменов шире, по сравнению с границами доменов Pfam: 11-373 и 1-373 против 16-368.