UniProt

1) Сравнительная характеристика белка URHG2 и его ортологов.

Поиск ортологов осуществлялся в банке UniProt c помощью двух запросов: name:"Unsaturated rhamnogalacturonyl hydrolase " и gene:"yter" AND organism:"Bacillus". Первый запрос показал только один ортолог K1LHR9_9BACI из генома бактерии Bacillus isronensis. С помощью второго был найден ортолог - A8FGF0_BACP2 из генома бактерии Bacillus pumilus. Основная информация о них была получена с помощью команды entret. Результаты их сравнения представлены в следующей таблице.

Эти три белка схожи, но имеют ряд отличий:

  • Белки имеют разную длину последовательности, а именно URHG2 - 373 аминокислотных остатка, K1LHR9 - 368, и A8FGF0 - 370.
  • Существование белка URHG2 доказано экспериментально, а существование двух его ортологов только предсказано. Очевидно, пространственная структура известна только для URHG2.
  • Все три белка получены из геномов разных видов бактерий рода Bacillus.

    • 2) Число предполагаемых ортологов белка URHG2_BACSU в базах данных Swissprot и TrEMBL.

    Запрос, с помощью которого были найдены ортологи:

    name:"Unsaturated rhamnogalacturonyl hydrolase" AND gene:yter AND organism:"Bacillus "

    Обнаружено 5 находок, результаты представлены на рис.1

    Рис.1. Результаты запроса.

    Далее проводилась классификация запросов по базам данных. Результаты поиска по базе данных UniProt представлены на рис.2, а по TrEMBL - на рис.3.

    Рис.2. Результаты, полученные из базы данных UniProt.

    Рис.3. Результаты, полученные из базы данных TrEMBL.

    Таким образом, белков, существование которых предположено, но не доказано, будет значительно больше, чем тех, существование которых доказано экспериментально.